太仓双凤寺始建于晋咸和（326-334）年间，高僧支遁（一名支道林）由京城建康（今南京）一路讲学，来到苏州，至梅李寻访名士瞿硎先生，晚上两人席坐谈经论道，忽见东南方有五色光闪烁。为寻此光源，支遁携其弟子一行，来到常熟南沙，遇一高地，上有两株合抱大树，师徒停下，静坐树侧，观察究竟。半夜，又见树南丈余处，五色光闪射而出。天明后，支遁率众将土掘开，下冒蒸汽，续下掘，现一石函。开函，内藏一对神龟。远近闻讯，咸来围观。众目睽睽下，两神龟化为一对凤凰凌空飞去。支遁乃于此处，开基创寺，因名“双凤寺”。该地方圆百里，得名双凤乡，载诸史志，迹垂千年。

2000年双凤寺开始重建。建成后的寺院建筑错落有致,具有典型的江南名刹的气势,富有明清建筑艺术风格，分为广场牌楼、天王殿、大雄宝殿、东西厢房等四大部分。四柱石牌坊巍峨壮观,牌楼中柱高11.6米,两侧镂雕龙凤石柱高9.7米;天王殿造型别致,面阔5间,内深4界;高16.6米。大雄宝殿气度恢弘,位于露台之上,面阔7间,内深6界,高21米。2007年举行了太仓双凤寺诸佛菩萨圣像开光典礼。现在，双凤寺第二期工程之正法明楼及僧寮，支遁大师纪念馆正在建设中。