生物地球化学异常（biogeochemical anomaly）是指由生物作用形成的地球化学异常。生物包括动物、微生物和植物，生物地球化学异常是这三种异常的统称。当土壤、岩石、水和大气中存在地球化学异常时，则往往会对生长在其中的生物发生影响，一是引起生物体内化学成分的变化，二是可能引起个体或群体的生态特征发生变化。化学成分（特别是微量元素）或生态特征与背景相比发生的显著变化称为生物地球化学异常。这些生物的生长和死亡后的残骸还会对环境产生影响，产生生物成因的地球化学异常，如森林沼泽区腐殖层和泥炭层中的异常。