上海海事大学水运经济科学研究所是根据交通部指示，1979年开始筹备，1981年经交通部批准正式成立。下设港口及物流经济、国际航运、管理现代化等3个研究室和航运信息咨询部，设有“技术经济及管理”硕士点。主要研究方向有：交通运输发展战略与管理研究、运输系统技术与经济分析、交通运输规划与管理现代化、航运现代化管理、集装箱运输管理、交通流理论研究、综合物流技术、城市物流配送、国际航运经济与市场规律、航运政策、运输产业发展、港航企业计算机管理系统等。建所以来，承担了许多部重点科研课题和省市及企业等横向课题。研究所在港航领域已具有一定的知名度，为国内港航企事业单位甚至国际性集团和机构解决了许多发展战略、现代管理和技术等方面的问题。