民国27年1月建立，是巴黎巴斯德研究院在上海的分院。前身为公董局公共卫生救济处医学化验所。院址：金神父路（今瑞金二路）207号。院长：雷乐尔（J.H.RAYNAL）。经济来源：法国文化基金。设微生物部、疫苗部、化学部，兼管法租界卫生检验任务。后改设细菌化验室、制苗部及疯犬病诊疗室、卡介苗防痨室、化学化验室。职工30余人。从事科研工作的专家有：富礼爱（J.FOURNIER）、夏博（A.CHABAUB）、费绍尔、刘永纯、郭成周、丁霆等。雷乐尔和刘永纯因研究卓有成效，促进中法两国学术交流，法国政府授予骑士勋章。

1950年市人民政府接管该院，1951年8月1日中国人民解放军军事医学科学院在上海成立，巴斯德研究院并入该院，1958年迁往北京。