1880年（明治13年）8月，日本海员掖济会成立。此会是由明治政府的官员和日本航海业人士50多人发起的。由于当时的日本海员还延续着同幕府时期的一样的恶劣的劳动强度和工作环境，所以要想让日本航运业发展，达到在航运业上的真正维新，就要尽快纠正这些恶习。

实际上，此会真正运作是在1881年也就是明治14年的6月在东京的心海寺开办了“海员寄宿所”从此日本海员掖济会才正式开始运作。自成立之出，日本海员掖济会一直致力于解决海员的住房问题，加强海员培训，船员医疗的问题，以及遇难船员家庭的抚恤问题等日本船员的福利事业。

二战结束后，其中当时的很多权利被国家收走，现在只留下了解决船员的医疗保障问题，直到今天。

现在，日本海员掖济会的总部在日本首都东京，下辖8所医院，9个诊所，2个敬老院以及1所护理专科学校，总人数2500名左右。

据推测，日本海员掖济会是日本现存最早的公益法人。