德国海军并非仅仅为潜艇建造洞库工事，同样的防御措施还在摩托快艇部队上得到采用。德国人还为海军舰艇所用的弹药库和其他军用物资仓库建造了类似的防御工事，其中还包括大量一般性的防御碉堡和炮兵掩体。这些都是在进行被称作“大西洋壁垒”的海岸防御工程的同时进行的，两者在物资和人员的需求上还产生过一定冲突。

负责此项系统工程的部门是德国海军建设部（Marinebauwesens）。这个部门曾负责建造位于黑尔戈兰的大规模海军基地防御工事，从中得到的一些有益经验就用在了1941年占领法国后得到的部分港口工事的建造中。具体的工程施工则延续了第一次世界大战期间德国海军在布鲁日建造潜艇基地时确立的设计方案和施工体系。

实际施工则由弗里茨·托德博士领导的国营工程局负责。弗里茨·托德曾经承担了1938年德国西部国境线的防御工事的设计建造，为此在自己手中集合了大批出色的建设工人。资料显示，国营工程局下属的工人曾一度达到30万人。此外还包括数千名工程技术专家对工程质量进行监督。大战爆发后，德军势如破竹般相继占领了法国和其他一些欧洲低地国家。国营工程局又在法国巴黎成立了一个分支机构，在占领区征召大量工人为德国海军潜艇部队建造码头和洞库工事。有意思的是，在法国，来自德国的工人和在法国当地征召的工人之间相处的十分融洽。法国工人和来自其他欧洲国家的工人都得到了较好的待遇，因为他们的技术水平确实较高，从而得到了那些来自德国同行的尊敬。但是在挪威，在那里被迫工作的从苏联战俘中征召的工人境遇就相当悲惨了。平均每个潜艇洞库工程要用到超过15000名工人，施工实行12小时工作制，工人们分两班轮换工作以保持24小时施工不间断，夜间施工则由探照灯甚至北极的极光照明。只有在空袭警报响起的时候，施工才会被迫暂时中断。

在整个工程中，不少德国公司都涉足其中，包括西门子-鲍尔联合公司在内的几家公司承包了混凝土工程，电力设施的施工则由西门子-舒克公司负责，机械生产的任务则由著名的MAN公司承包，该公司为工程提供用于码头和船坞所用的混凝土浇灌机械。此外还有一些小的项目交给了工程所在地的相关公司。

工程的选址一般遵循以下原则：尽量在当地原有的海军码头上建造，如法国的布累斯特和洛里昂，这些地点受潮汐的影响，水深符合要求。另外还有一些不受潮汐影响的海军码头，如法国的圣·纳塞尔、波尔多等地，一些潜艇洞库也在民用港口施工建造。所有这些施工工地都有严格的出入限制。

一旦选址确定下来，繁重的施工就此开始。首先要认真清理施工场地，以便开掘地基并打造巨型钢制地桩。为了防止海水倒灌进低于海平面的工地，还必须修建一座巨型围堰。在开掘施工的同时，还要在船坞后方修建一座混凝土平台，这里是各种车间所在地。此外还要修建钢筋加固的围墙。修建一座潜艇洞库需要大量的物资材料，每天工人们都得浇灌数千平方米的混凝土。最重要的材料——钢材和水泥每天源源不断的由公路或铁路从德国各地运往各个施工现场。有时位于占领区的潜艇洞库工地也在当地寻求物资供应以减少成本。有些地方还铺设了专门的铁轨从供应地通往施工工地以方便数十万吨钢材、水泥和沙砾的运输。水泥由50公斤容量的纸袋打包装运，由于水泥需求量十分巨大，人们还注意把用完的纸袋统一回收以实现再利用。

除了为潜艇提供码头和庇护所以外，潜艇洞库还建有修理车间、发电站、泵站、仓库、办公室和宿舍、通风和取暖装置、电话和通信站等等设施。出于安全考虑，象鱼雷这样的军火弹药则储藏在潜艇洞库之外的加固工事内，需要的时候可迅速运到船坞码头装卸。

船坞本身有两种建造方式——“干”式和“湿”式。前者可以排干内部海水以便潜艇进行修理和维护，其大小不尽相同，通常情况下这种船坞的地基面到储水后的水平面之间的高度为10米，此外船坞还保留了一定高度的天顶以容纳起重机，这种起重机往往用来整体拆除潜艇上的潜望镜进行修理，起重能力可达30吨。每个船坞都拥有至少一部抽排容积为3000立方米的水泵，此外还包括一部抽排容积为380立方米的辅助水泵，有时更多，这些水泵就安装在每两个船坞之间。这些水泵具备在3小时内排干船坞内所有海水的能力。船坞内部有大量装甲钢板加固，厚度可达一米，用于保护船坞内的重要位置，如闸门。随着盟军对德军潜艇洞库空袭的加强，德国人很快找到了有效加固洞库顶部的办法，经过加固的库顶可以完全抵御航空炸弹的攻击。由于德国海军对潜艇修理码头和船坞的迫切需要，许多干船坞刚刚完工就迅速投入了使用，在德国海军的潜艇作战中发挥了巨大作用。