个人简历

研究方向

发表论文

个人简历

欧竑宇，男，1976年3月出生，微生物学教授。十多年来，一直在微生物学领域不断学习和探索,已累积发表SCI研究论文32篇。攻读博士学位时，师从天津大学张春霆院士从事微生物学和生物信息学交叉研究，开发了细菌基因识别算法Zcurve、翻译起始位点预测工具GS-Finder和必需基因数据库DEG等被同行广泛引用的工具和分子生物学数据库，入选2006年全国优秀博士学位论文提名。在英国做博士后期间，从事病原菌基因组学研究。

2006年6月到上海交通大学分子微生物学实验室担任副教授，2010年遴选为博士生导师，2012年任教授，致力于比较基因组学领域的开拓。从菌种资源发掘和建立生物信息学平台开始，聚焦在细菌可移动基因组功能解析的若干关键科学问题，将研究小组引入到条件致病菌耐药性传播和DNA硫修饰系统水平转移等重要课题的探索。以分子微生物学和生物信息学交叉互动策略来突显研究特色，业已取得了一些系统性进展，至2012年2月已发表20篇SCI论文；其中，9篇为通讯作者或第一作者，发表在Nucleic Acids Research、Journal of Bacteriology、Journal of Molecular Diagnostics、PLoS ONE等国际生物学杂志上。多次担任国内外生物学刊物的审稿人，曾多次在国际国内会议上作学术报告和担任分会场主持人。承担多项863计划课题和国家自然科学基金课题。2007年入选上海市“青年科技启明星计划”；2008年获得了明治乳业生命科学奖；2009年入选上海交通大学晨星青年学者奖励计划SMC优秀青年教师 (A类)；2010年入选教育部新世纪优秀人才支持计划。

研究方向

微生物比较基因组学

（1）以科学问题为导向的生物信息学应用研究－细菌可移动遗传元件的比较分析

细菌的染色体骨架通常相对保守，但有些菌株通过拥有某些特殊的可移动遗传元件，如原噬菌体、整合型接合元件和基因组岛等，维持或增强了它们在选择压力下的竞争优势和遗传稳定性。围绕可移动元件功能研究中遇到的关键科学问题，我们开发了一系列生物信息学工具和数据库：（i）元件识别：我们在MobilomeFINDER中提出了搜索临床和环境菌株特有基因组岛的新策略，即“tRNAcc工具识别岛插入热点，tRIP-PCR技术搜索岛，酵母捕捉质粒克隆新岛”；而我们创建的mGenomeSubtractor则实现了在2～3分钟内高速识别几十个细菌染色体序列中的保守骨架或特异片段，利用并行计算解决了在比对数目、大小和运算时间上的难点。（ii）元件转移：ICEberg数据库通过生物信息学预测和文献挖掘，系统地识别了上百个细菌中400多个整合型接合元件，比较分析了岛的位点特异整合、切出环化和接合等典型的自行转移特性，聚焦了它们所编码的DNA硫修饰限制系统、致病性、抗菌素抗性和重金属降解等重要生物学性状。（iii）元件与宿主的互作：宿主菌可能会借助与程序性死亡相关的毒素-抗毒素系统来调控新获得可移动元件。TADB数据库比较分析了1万多个广泛存在于细菌可移动元件上的II型毒素-抗毒素操纵子，系统分类为14个家族。

（2）可移动遗传元件的功能解析－革兰氏阴性条件致病菌致病和耐药传播机制的研究

条件致病菌肺炎克雷伯菌是医源性感染最主要的革兰氏阴性菌之一，可引起肺炎、尿路感染、败血症等多种疾病。在广谱抗生素滥用造成的强大选择压力下，肺炎克雷伯菌通过获得质粒或基因组岛介导的抗菌素抗性基因，成为多重耐药菌或极度耐药菌。多年来我们广泛收集不同来源的肺炎克雷伯菌，包括各种环境株临床多重耐药株和。通过MobilomeFINDER策略考察了这些不同生境肺炎克雷伯菌的基因组多样性。此外，我们还关注铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌等重要耐药条件致病菌致病。

（3）“干-湿”科学紧密的结合－细菌基因组岛编码的DNA硫修饰及其限制系统

我们与多个研究组展开优势互补的合作，围绕微生物代谢过程中关键科问题开展开了一系列比较分析研究。合作研究发现了DNA硫修饰系统通过水平转移以基因组岛的形式，广泛存在于分类地位和生态差异很大的细菌和古细菌中；对预测的天蓝色链霉菌基因组岛深入分析，首次发现了DNA硫修饰依赖的限制系统，其中一个岛编码了能切割磷硫酰化DNA的IV型核酸内切酶。这些合作结晶有助于阐明DNA硫修饰的生物学意义。

发表论文

(20) D. Bi, Z. Xu, E. Harrison, C. Tai, Y. Wei, X. He, S. Jia, Z. Deng., K. Rajakumar* and H.Y. Ou* (2012) ICEberg: a web-based resource for integrative and conjugative elements found in Bacteria. Nucleic Acids Research, 40, D621-D626.

(19) P. Liu, P. Li, X. Jiang, D. Bi, Y. Xie, C. Tai, Z. Deng, and H.Y. Ou* (2012) Complete genome sequence of Klebsiella pneumonia subsp. pneumoniae hs11286, a multidrug-resistant strain isolated from human sputum. Journal of Bacteriology, in press.

(18) Y. Shao, E.M. Harrison, D. Bi, C. Tai, X. He, H.Y. Ou*, K. Rajakumar and Z. Deng (2011) TADB: a web-based resource for Type 2 toxin-antitoxin loci in bacteria and archaea. Nucleic Acids Research, 39, D606-D611.

(17) J. Zhang, J. Jurriaan van Aartsen, X. Jiang, Y. Shao, C. Tai, X. He, Z. Tan, Z. Deng, S. Jia*, K. Rajakumar and H.Y. Ou* (2011) Expansion of the known Klebsiella pneumoniae species gene pool by characterization of novel alien DNA islands integrated into tmRNA gene sites. Journal of Microbiological Methods, 84, 283-289.

(16) H.Y. Ou* and K. Rajakumar* (2011) Book chapter: “ArrayOme- & tRNAcc-facilitated mobilome discovery: comparative genomics approaches for identifying rich veins of bacterial novel DNA sequences”, Handbook of Molecular Microbial Ecology I: Metagenomics and Complementary Approaches, Editor F. J. de Bruijn, John Wiley & Sons, Inc.

(15) G. Liu, H.Y. Ou, T. Wang, L. Li, H. Tan, X. Zhou, K. Rajakumar, Z. Deng* and X. He* (2010) Cleavage of Phosphothioated DNA and Methylated DNA by the Type IV Restriction Endonuclease ScoMcrA. PLoS Genetics, 6, e1001253.

(14) Y. Shao, X. He, C. Tai, H.Y. Ou*, K. Rajakumar and Z. Deng (2010) mGenomeSubtractor: a web-based tool for parallel in silico subtractive hybridization analysis of multiple bacterial genomes. Nucleic Acids Research, 38, W194-W200.

(13) N. Chen¶, H.Y. Ou¶, J.J. van Aartsen, X. Jiang, M. Li, Z. Yang, Q.Wei, X. Chen, X. He, Z.Deng, K. Rajakumar,Y. Lu* (2010) The pheV phenylalanine tRNA gene in Klebsiella pneumoniae clinical isolates is an integration hotspot for possible niche-adaptation genomic islands. Current Microbiology, 60, 210-6.( ¶ These authors contributed equally to this work.)

(12) H.Y. Ou, X. He, Y. Shao, C. Tai, K. Rajakumar and Z. Deng* (2009) dndDB: a database focused on phosphorothioation of the DNA backbone. PLoS ONE, 4, e5132.

(11) H.Y. Ou ¶, C.T.S. Ju ¶, K.L. Thong, N. Ahmad, Z. Deng, M.R. Barer and K. Rajakumar* (2007). Translational Genomics to Develop a Salmonella enterica Serovar Paratyphi A Multiplex PCR Assay. Journal of Molecular Diagnostics, 2007, 9, 624-630. (¶ These authors contributed equally to this work.) (Cover Figure and Comment in: J Mol Diagn. 2007, 9, 572-573.)

(10) H.Y. Ou, X. He, E.M. Harrison, B.R. Kulasekara, A.B. Thani, A. Kadioglu, S. Lory, J.C. Hinton, M.R. Barer, Z. Deng* and K. Rajakumar* (2007). MobilomeFINDER: web-based tools for in silico and experimental discovery of bacterial genomic islands. Nucleic Acids Research, 35, W97-W104.

(9) X. He, H.Y. Ou, Q. Yu, X. Zhou, J. Wu, J. Liang, W. Zhang, K. Rajakumar and Z. Deng* (2007). Analysis of a genomic island housing genes for DNA S-modification system in Streptomyces lividans 66 and its counterparts in other distantly related bacteria. Molecular Microbiology, 65, 1034-48.

(8) H.Y. Ou, L.L. Chen, J. Lonnen, R.R. Chaudhuri, A.B. Thani, R. Smith, N.J. Garton, J.C. Hinton, M. Pallen, M. Barer and K. Rajakumar* (2006). A novel strategy for identification of genomic islands by comparative analysis of the contents and contexts of tRNA sites in closely related bacteria. Nucleic Acids Research, 34, e3.

(7) H.Y. Ou , R. Smith, S. Lucchini, J.C. Hinton, R.R. Chaudhuri, M. Pallen, M. Barer and K. Rajakumar* (2005). ArrayOme: a program for estimating the sizes of the microarray-visualised genomes. Nucleic Acids Research , 33, e3.

(6) H.Y. Ou, F.B. Guo and C.T. Zhang* (2004). GS-Finder: a program to find bacterial gene start sites with a self-training method. Int. J. Biochem. Cell Biol. 36, 535-544.

(5) R. Zhang, H.Y. Ou and C.T. Zhang* (2004). DEG, a Database of Essential Genes. Nucleic Acids Research, 32, D271-D272.

(4) H.Y. Ou, F.B. Guo and C.T. Zhang* (2003). Analysis of nucleotide distribution in the genome of Streptomyces coelicolor A3(2) using the Z curve method. FEBS Letters, 540, 188-194.

(3) F.B. Guo, H.Y. Ou and C.T. Zhang* (2003). ZCURVE: a new system for recognizing protein-coding genes in bacterial and archaeal genomes. Nucleic Acids Research, 31, 1780-1789.

(2) L.L. Chen¶, H.Y. Ou¶, R. Zhang and C.T. Zhang* (2003). ZCURVE_CoV: a new system to recognize protein coding genes in coronavirus genomes, and its applications in analyzing SARS-CoV genomes. Biochem. Biophys. Res. Commun., 307, 382-388. (¶ These authors contributed equally to this work.)

(1) F. Gao, H.Y. Ou, L.L. Chen, W.X. Zheng and C.T. Zhang* (2003). Prediction of proteinase cleavage sites in polyproteins of coronaviruses and its applications in analyzing SARS-CoV genomes. FEBS Letters, 553, 451-456。