在基因组遗传作图中表示为特定观测表现型出现的可能性。英文：likelihood。最大似然，定义为以满足其估计值在观察结果中出现的概率最大为条件。

似然比 = L（r）/ L（1/2）

L（r）：假设两个标记间以r的重组率相连锁的概率；

L（1/2）：假设两个标记间为非连锁的概率。

Linkage test (连锁检验)：

L（r）

LOD = log ------------

L（1/2）

LOD为L（r）/ L（1/2）取以10为底的对数。

在实际应用技术中，要求似然比L（r）/ L（1/2）大于1000：1，即LOD>3.0，才能证实这两标记间存在连锁。即

LOD = log L（r）/ L（1/2）

= log 1000

=3.0