南通防洪堤1953年初动工兴建，同年4月竣工，分古城横坝与南通堤坝两段。古城横坝起于南通古城堤头山，终于棋浦山，长400米，南通堤坝起于镜口园林目山麓，经上州、方庄、陈厝州尾、卫星村，止于文山村之山麓，长9.6公里，防洪堤总长为10公里，同时建成镜口、陈厝、方庄涵洞3座，后因位置选择不当，排涝作用不大，废弃镜口和陈厝两座涵洞，分别在1954年、1958年建成南通上州水闸和南通陈厝水闸两座。因内涝问题，在1962年5月建成文山新闸1座2孔，孔宽7.6米，最大单宽泄流量11.8立方米/秒，大大地提高防洪排涝的能力。1983～1984年，分别于陈厝堤段和南通堤段新建旱闸2座，1991年动工兴建陈厝至文山水闸内堤脚防汛公路2.1公里。

南通防洪堤由里程零至6.7公里，防洪堤傍大樟溪右岸，6+700～9+600依闽江南港右岸而筑，堤身高度3.5～4.6米，堤顶宽度1.5～3米，迎水坡1∶1.5～1∶2，背水坡1∶1.75～1∶1.5。堤基多为沙壤土或淤积土。堤身断面单薄，1957年8月16日洪水，由于堤基础不好，发生淘空，以致古城横坝发生长80米决口，淹地1万余亩，损失60万元。当年年底，即选基础坚实的堤头山至棋浦山之间另建新的古城横坝。

为了加固堤防，南通防洪堤先后于1960～1962年进行重点堤段的加高培厚，扩大断面，处理渗透，1963年，为了提高抗洪标准，全线进行加高培厚整修工程，完成土石方15.4万方，投入民技工18.6万工日，投资25.7万元。1969～1970年防洪堤再次整修加固。防洪达到“十年一遇”标准。