跨性别荷尔蒙疗法，是在女变男（FTM）的跨性别人士身上采用睾酮（男性荷尔蒙），在男变女的跨性别人士身上采用雌激素来发展与其性别身份相关联的第二性别特征。

对于一些人来说，这个第二次的青春期感觉像是回家，而其他的一些人则要因为情绪多变和一些生理的变化而倍受折磨。取决于年龄及其它因素，荷尔蒙疗法可能需时数月甚至多年来才对身体变化起作用而产生一个尚可凑合的外观。这种疗法并非没有风险，在没有医务监督时不应该这么做。然而，许多跨性别人士自我用药治疗，从街上，从朋友或通过互联网获得荷尔蒙。

女变男的跨性别人士似乎获得合格外貌的速度颇为迅速。睾酮使他们的声音低沉，他们的面部和身体的体毛增多，但不会增加他们的身高。对男变女的跨性别人士，超越与生俱来的性别一般需时较长，因为雌激素不会增加音域或消除他们面部或身体上的毛发，而必须通过电蚀除毛或激光治疗。一旦达到合格的外观，绝大多数跨性别人士选择对其跨性别身份进行保密，即通常被称为隐身生活。