科其喀尔冰川位于托木尔峰山汇南部，新疆阿克苏地区温宿县境内，是托木尔峰地区比较典型的托木尔型大型树枝状山谷冰川，由东西两条主谷冰川和众多的冰斗冰川、悬冰川汇合而成。

冰川上限为科其喀尔峰，海拔6342m，冰舌末端海拔3020m。冰川总长25.1km，面积83.56km2，冰储量15.79km3，其中消融区面积为30.6km2，长度约19.0km。冰舌区自海拔3750m以下区域基本为表碛层覆盖，表碛最大厚度在冰川末端达到2.0m以上，并随海拔高度的上升逐渐递减，通常在东西两条主谷冰川流线位置厚度较小，而在冰川两侧和介于东西主谷冰川流线中间分布较厚。表碛层主要由花岗岩碎石夹杂部分泥质成分构成，最大块石直径超过15m，越向冰川末端含泥量越高，海拔3300m以下部分区域发育有厚层的土壤层，并且有多年生灌木丛。