济宁学院生物专业于1983年筹建，1992年招收三年制“化学生物”主辅修专业，1993年 “生物教育”专业开始招生，2000年建系，2002年增设“实用生物技术”专业，2005年改为“生物技术及应用”专业。2005年“生物技术及应用”专业被学校确定为重点发展专业，计划2007年招收“生物工程”本科专业。生物系现有专任教师38人，其中：教授1人，副教授11人，讲师23人、助教3人，教授、副教授占31.6%；博士1人，具有硕士学位的专任教师27人（在读博士5人），在读硕士2人，其余教师均为本科学历，硕士、博士占73.68%。45岁以下专任教师占92.1%，年龄结构合理。几年来，生物系先后有6人获校级优秀教学能手奖，3门课程被评为校级优质课程，教学成绩显著，得到各届学生的好评。历年专升本考试成绩和考取人数在全省同类专业中名列前茅，特别是2005、2006年毕业生专升本率分别为50.46%、53.39%，专升本学生考研率平均为85.67%。参编出版教材、专著15部，主持并参与国家重点研究发展规划(973)项目1项和国家高技术研究发展计划(863)项目1项，省、市、校级科研课题12项，发表学术论文200多篇，其中核心期刊55篇，国家级48篇，有16项科研成果和论文获省、市、校奖励。系党支部先后被评为济宁市“先进基层党组织”和“校先进党支部”。系建有“绿色环保协会”“青春励志社”和“海浪文学社”等学生社团，在大学生社会实践活动中多次获省市奖励，在学校校园文化活动中多次获奖。

生物系建有生命科学实验中心,现己拥有“生物教育”、“生物技术及应用”和“生物工程”3个专业的实验室，建有植物学实验室 、动物学实验室 、植物生理学实验室、生物化学实验室、遗传学实验室、组织培养实验室、微生物学实验室、分子细胞生物学实验室、人体解剖生理学实验室等9个基础实验室和啤酒工艺实验室、发酵工程实验室、食品分析与检验实验室 、食品工艺学、现代生物技术实验室等5个专业实验室。另外建有显微互动实验室、形态结构观察实验室、植物学标本室、剥制动物标本室、浸制动物标本室、分析天平室、精密仪器室、公共仪器室、显微镜室、模型室等。实验中心现有800元以上仪器设备 1370 （台）件，设备总值613.7万元，其中5万元以上大型贵重仪器11台（件）。现有实验教师和实验技术人员19人，其中副教授（高级实验师）8人，具有硕士以上学位16人。2001年7月生物实验室顺利通过全省高校实验室评估,被确定为全省高校二类实验室。