济宁市人民检察院下辖市中、任城、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、泗水、梁山、曲阜、兖州、邹城12个县（市、区）检察院和城郊院1个派出检察院，市院机关下设办公室、政治部、侦查监督处、公诉处、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、警务处、行政装备处、离退休干部处、监察处、检务督察办公室、信息管理处、人民监督员办公室等19个内设机构。目前，市院共有编制182个，实有169人。

近年来，该院坚持以中国特色社会主义理论为指导，着力服务于济宁改革发展稳定的大局，突出“强化法律监督、维护公平正义”主题，严格履行检察职责，积极维护济宁社会政治稳定；加大查办职务犯罪力度；积极促进反腐败斗争深入开展；充分发挥职能优势，深入开展预防犯罪工作；依法履行诉讼监督职能，努力维护司法公正和统一；不断深化改革，为检察工作创新发展提供新动力，各项工作取得了较大的成绩。先后被表彰为“全国检察机关文明接待室”，“全国检察机关文明接待示范窗口”、“全国检察机关枪支弹药管理先进单位”。被山东省保密工作委员会表彰为“四五”保密法制宣传教育工作先进集体，市院侦查监督处被评为山东省“优秀妇女维权岗”、市院政治部被省院评为“立检为公、执法为民”主题实践活动先进集体、“检察宣传工作先进单位”。近年来，有18人被高检院表彰为全国检察机关先进个人，138人（次）被省以上各级党委和省院表彰为先进个人和行业标兵。