1949年2月，经中区皖西区委批准，成立怀宁县人民政府，隶属皖西第二爱国民主行政专员公署，6月，隶属皖北人民行政公署安庆专区，1952年8月，改属安徽省人民政府，同时接受安庆专区（地区、行署）的指导与监督。1956年4月怀宁县人民政府改为怀宁县人民委员会。至1965年12月，共召开六届人民代表大会，换届选举了各届人民委员会组成人员。1966年5月，“文化大革命”开始，县人委领导机构及其工作机构陷入瘫痪状态。1967年2月，由人民解放军“支左”人员参加，成立“怀宁县抓革命促生产第一线指挥部”，负责组织指导全县革命生产工作。1968年8月，成立怀宁县革命委员会，为党政合一的领导机构。1969年7月，建立县革委党的核心领导小组，实行一元化领导。1970年6月，县革委为单一的政权机构。1981年8月，撤销怀宁县革命委员会，成立怀宁县人民政府，县革委工作机构转为县人民政府工作机构。

几十年来，县政府工作机构变动频繁，或职能强化独立，或职能转化撤销，为便于了解档案的形成情况，现将建国后怀宁县人民政府内设机构简要介绍如下：

（一）建国前（1949年10月前）：设立公安局、财粮科、文教科、工商局、粮食局

（二）基本完成社会主义改造和全面建设社会主义时期（1949.10~1966.5）

1949年：设立秘书室、司法科、民政科、中国人民银行怀宁县分理处、石牌邮局和怀宁电话组

1950年：设立监察室、人民检察委员会、建设科、合作总社、财粮科改为财政科，工商局分为税务局、工商科，　中国人民银行怀宁县分理处改为办事处后改称中国人民银行怀宁县支行，撤销司法科。

1951年：设人事科、农林科、财经委员会、卫生科、教育科改称文教科、人民检察委员会改称人民检察署。

1952年：设立统计科，农林科与建设科合并为农建科。

1953年：财政科改称财粮科。

1954年：设立农业办公室、手工业管理科、生产联合社、体育运动委员会，农建科分为农业科、建设科、水利科。

1955年：设立农业局，撤销农业科，财经委员会，监察室。人民检察署更名为怀宁县人民检察院，合作总社改称　供销合作社。石牌邮电局改称怀宁县邮电局。

1956年：设立农产品采购局，林业科，县农业银行。经济计划委员会后与统计科合并。秘书室改称县人委办公室。建设科改称交通科。财粮科改为财政科。水利科改为水利局。手工业管理科改为工业科后与交通科合并为工交科。教育科分为文化科和教育科。

1957年：设立多种经济办公室，商业局。恢复监察室，撤销工商科。农业局与林业科合并为农林局。文化科、教育科合并为文教局。

1958年：设立档案馆（科）。民政科分为民政科、劳动科。

1959年：设立种子局，工业领导小组办公室，交通局，除害灭病办公室。撤销工交科。冶金煤炭、机械工业、化学工业、基本建设4个局合并为重工业局。财政科与税务局合并为财政局。县监察室与县委监察委员会合署办公后撤销。

1960年：恢复机械工业局，撤销除害灭病办公室，民政科改为民政局，劳动科改为劳动局。

1961年：撤销工业领导小组办公室。

1962年：设立劳动安置办公室。

1963年：设立财贸办公室，物资局，档案馆（科）与县委档案管理科合署办公。

1964年：劳动局改劳动科，统计科改称统计局。

（三）社会主义建设新时期（1976.10~

1978年：设立农林办公室，工交办，恢复财贸办公室。

1981年：设立县政府办公室，农业区划办公室，地名领导小组办公室，恢复多种经济办公室。

1982年：知青办并入劳动局，工交办改称县经济委员会。

1983年：设立地方志编纂办公室，地名领导小组改称地名委员会办公室。

1984年：设立区域规划办公室，侨务办公室，经济技术引进协作办公室。撤销财贸办公室，农林办公室，多种经济办公室，农业区划办公室。

1985年：设立专业户协会办公室。

1986年：设立国库券推销委员会办公室。