华东师范大学体育与健康学院的前身是华东师范大学体育系，创建于1951年，是在东亚体育专科学校体育系和体育专修科的基础上组建而成。 1952 年夏季，全国进行了大规模的院系调整。根据教育部的决定，华东师范大学体育系、体育专修科与南京大学和金陵女子大学的体育系科合并，成立中国历史上第一所体育学院 —— 华东体育学院（ 1956 年更名为上海体育学院）。自此，华东师范大学体育系停办，保留了一个体育教学小组（后改为体育教研室），其职能主要是承担公共体育教学。 1954 年 黄震 先生倡议在高校开设体育专项课程，并率先在华东师范大学试行，此举当时在全国产生了相当大的影响。

1972 年（文革期间），华东师范大学与上海师范学院、上海体育学院、上海教育学院、半工半读师范学院合并成立上海师范大学，五校的体育系科组建为上海师范大学体育系。 1978 年，上海师范学院、上海体育学院、上海教育学院相继从华东师范大学分出，体育系解散停办，改为体育教研室。 1979 年开始招收第一届专科学生， 1980 年华东师范大学恢复华现校名，体育系重建，开始招收本科学生，迎来了该校体育教育新的春天。

1984 年，华东师范大学体育与健康学院获准设立了改革开放以来我国体育学科最早的硕士点之一——体育理论（ 1997 年更名为体育人文社会学）硕士点。 1986 年获准设立全国第一个运动生物化学（ 1997 年更名为运动人体科学）硕士点， 1993 年又获准设立全国首批运动生物化学（ 1997 年更名为运动人体科学）博士点。

1998 年上海市推行教师教育一体化办学新体制，上海教育学院、上海第二教育学院并入华东师范大学。学校整合三校的体育系和大学体育教学部，成立新的体育学系。 2001 年成立体育与健康学院，华东师范大学的体育教育事业在新世纪翻开了新的篇章。