由于法国拿破仑帝国的扩张，1806年荷兰被法国占领。1806年，英国舰队在雅加达的海面上击溃了荷兰舰队，控制了印尼的海上交通，印尼各主要岛屿处在英国海军的包围之中。1811年8月大批英军在爪哇登陆，向雅加达发起进攻。荷兰军队节节败退，最后于1811年9月18日向英军投降。双方签订协定，荷兰将印尼交由英国统治。英国占领印尼后，印尼归印度总督明多管理。副总督莱佛士被派往东印度群岛，负责管理爪哇及其附属各地，包括马都拉、巨港、马辰和望加锡等。莱佛士来到爪哇后，首先处理英国同各封建土王的关系。以每年给万丹苏丹年薪2.5万盾的代价，买下了由英国殖民政府管理万丹地区的权力；不过他同意万丹苏丹保留徒有其名的苏丹称号。莱佛士对井里汶的诸苏丹，也采取类似的方法处理，迫使他们交出权力，然后给予年薪，以资补偿。对日惹苏丹，则寻找借口，率兵进攻。日惹苏丹被迫把谏义里地区的大批土地割让给英国。梭罗的苏丹，也被迫削权和割让土地。对于爪哇以外的巨港、马辰等地的苏丹，莱佛士也派军队去，迫使他们屈服并割让土地。莱佛士统治印尼的时间并不长。1813年10月，拿破仑帝国崩溃，荷兰恢复了独立。英国为了利用荷兰牵制法国，同意与荷兰和好。1814年，英荷签订伦敦协定，英国答应归还以前占领的荷兰海外殖民地。不过，英荷之间有关殖民地的争执，到1824年双方签订苏门答腊协定后，才最终解决。根据该协定，荷兰把它在印度的商馆和马六甲移交给英国，英国则把它在苏门答腊的据点，如明古连等移交给荷兰；英荷两国有权进入对方的殖民地，并享受最大的特惠权。

荷兰统治的恢复和蒂博·尼哥罗大起义

荷兰从英国手里接管印尼后，重新恢复了统治。根据荷兰宪法的规定，印尼的最高统治权属于荷兰国王。为了压制印尼人对荷兰重新统治的不满，克服财政上的困难，荷兰殖民者在政治和经济方面，都采取了严厉的措施。对封建苏丹和土王，进一步剥夺他们的实权，只保留徒有其名的称号，让他们领取固定的薪俸，成为殖民政府的工具。在经济方面，继续推行强迫供应制和实物地租，强制人民种植咖啡，恢复贸易垄断。对过去封建领主同英国商人签订的租借土地的契约，一律宣布无效。此外，殖民政府还实行了一系列名目繁多的苛捐杂税，如在道路、桥梁、河口、市场等处设立关卡，进行征税，甚至连怀抱的小孩过关卡，也要纳税，称为“屁股税”。在宗教方面，限制伊斯兰教的阿訇们进行正常的宗教活动，以防止他们同外界接触，利用宗教活动反对荷兰人。荷兰殖民者的残酷统治，导致了1825～1830年的蒂博·尼哥罗领导的大起义。蒂博·尼哥罗是日惹苏丹阿莽古·甫握诺三世的儿子。在莱佛士统治时期，曾约定如果阿莽古·甫握诺四世去世，由他继承苏丹王位。但在阿莽古·甫握诺四世逝世后，荷兰总督却另立他的儿子为苏丹。这使蒂博·尼哥罗大为不满。更重要的是蒂博·尼哥罗还目睹荷兰恢复统治后，变本加厉地压迫和剥削人民，极为痛恨。这些是他起义反荷的原因。起义的导火线是荷兰殖民政府在日惹南部修筑公路时大肆拆毁民房，甚至把修路用的木桩插进蒂博·尼哥罗的领地和皇族墓地。他认为这是无法容忍的侵犯和侮辱行为。愤怒的蒂博·尼哥罗派人把木桩拔掉。然而木桩又被州长的爪牙插进。蒂博·尼哥罗当即提出抗议，殖民者非但不接受，反而派兵包围蒂博·尼哥罗的住宅，准备逮捕他。人民闻讯后，立即聚集到他们所尊敬的这位王子的周围。在人民的拥护下，蒂博·尼哥罗和叔父莽古甫美冲出敌人的包围，开始了抗荷起义。蒂博·尼哥罗转移到离日惹11公里的斯拉朗，在此建立了起义总部。他发出呼吁：“马打蓝王国的同胞们，如果你们敬爱蒂博·尼哥罗，就请加入他们的行列吧，他和他的叔父现在就在斯拉朗，凡是敬爱他们的人们，请即前往，准备战斗”。蒂博·尼哥罗号召进行“圣战”，消灭在爪哇的一切欧洲人。蒂博·尼哥罗的号召迅速传遍爪哇各地，受尽殖民者压迫的人民纷纷响应，他们拿起长矛、大刀，从四面八方投奔蒂博·尼哥罗。短期内就有6万多群众参加起义，另外还有70多名封建王公贵族。梭罗公国著名的伊斯兰教学者奇阿伊·摩佐也带着一大批教徒投奔蒂博·尼哥罗。1825年7月20日，人民起义的熊熊烈火在斯拉朗点燃起来。殖民政府闻讯后，立即从三宝垄调派援军，试图和驻日惹的殖民军内外夹击起义军。但起义军中途伏击了这批援军。起义军向日惹城发动进攻，消灭了不少敌军。与此同时，三宝垄、茉莉芬、北加浪岸、葛都各地的人民，也纷纷揭竿而起。他们烧毁荷兰人的房子、仓库、关卡和种植园。起义爆发1个月后，蒂博·尼哥罗发布《致扎巴朗加人民令》，在令中，蒂博·尼哥罗一方面阐明了这次反抗斗争的目标，即“为消灭爪哇岛上的一切异教徒，在日惹进行圣战”；另一方面号召“各级地方长官不要缴纳赋税”，将款项“应用于支持消灭爪哇一切欧洲人的战争”。蒂博·尼哥罗发布的檄文得到爪哇各阶层，特别是广大农民的热烈响应。仅在勃罗波粦哥管区，就有3.5万人响应。在人民起义军的打击下，殖民军总司令德·科克两次写信给蒂博·尼哥罗，要求同他进行谈判。蒂博·尼哥罗对德·科克的来信不予理采。德·科克达不到目的，便派大批军队进攻斯拉朗。起义军避其锋芒，撤出斯拉朗，转移到特鲁竹克、朱墨林等地。1825年10月，蒂博·尼哥罗被起义军的王公贵族和伊斯兰教学者拥戴为苏丹。他以苏丹的名义在日惹附近的起义军总部所在地德格索村宣布成立伊斯兰教王国。蒂博·尼哥罗建立王国，鼓舞了起义军的士气。到1826年初，起义军在整个中爪哇和东爪哇，广泛开展游击战，分别开辟了东北部、南部和中部3个战场。1826年6月，荷兰殖民军大批从日惹开往勃列列，企图从起义军手中夺走该地的堡垒。起义军英勇抵抗，一次又一次击退敌人的进攻。最后，敌军付出了沉重的代价，才占领这块阵地。7月，殖民军又进攻驻扎在德格索的起义军大本营。双方经过激战，起义军主动撤离，转移到斯查帝、勃列佐等地。由于殖民军受到沉重打击，殖民政府财政发生困难。德·科克又想出一条“妙计”，在1826年9月，宣布恢复被废黜的日惹老苏丹——蒂博·尼哥罗祖父的王位，企图以此诱使蒂博·尼哥罗停止反抗斗争。但蒂博·尼哥罗并未因此发生动摇，他继续领导人民进行战斗。1826年10月，起义军向梭罗附近的战略要地卡窝克发动进攻，虽然起义军打得勇猛顽强，但无法抵挡敌人猛烈的炮火。蒂博·尼哥罗本人在这场战斗中也受了伤。卡窝克战斗的失利，对起义军产生了重大的影响，不仅伤亡大，而且起义军领导开始分裂。此后，战斗双方转入相持阶段。卡窝克战役后，蒂博·尼哥罗进行了军事整顿，重新强调和恢复游击战术。1827年初，他组成了固定的起义骨干队伍，每一队伍有一名称，每一队有一旗帜。这些小分队重新开展了游击斗争。此时敌人利用取得胜利的机会，进行诱降活动。葛都战区一些软弱的王族投降了敌人。与此同时，殖民军从1827年下半年，开始用堡垒战术对付起义军的游击战。他们在各游击区建筑了一系列堡垒，这些堡垒每个相隔20～30公里，中间用道路连接起来，在堡垒区还有骑兵进行巡逻。1827年8～10月，德·科克派遣一名英国人和一名阿拉伯人为中介人，先后同蒂博·尼哥罗的代表举行两次会谈。由于殖民军的代表没能接受蒂博·尼哥罗提出的条件——提高伊斯兰教的地位（包括有权按照伊斯兰教的法律审判欧洲人），谈判破裂。此后殖民军加紧了攻势。他们开辟了东部、西部和北部几个战场，分别包围起义军。1827年11月，双方在北部战场的南望地区发生激烈战斗。起义军坚持了半年之久，最后失败。1829年8月，蒂博·尼哥罗的婶母及其几个儿子投降了敌人。9月，莽古甫美也被迫投降。10月，起义军的主要将领申托特也向敌人投降。蒂博·尼哥罗陷入困境，但他仍然坚持斗争。1830年3月28日，蒂博·尼哥罗及其随从应邀来到马吉冷，与荷兰人进行谈判。谈判中蒂博·尼哥罗要求建立一个由苏丹领导的独立国家，并要求成为整个爪哇伊斯兰社会的最高领袖。德·科克拒绝了蒂博·尼哥罗提出的要求，并将他逮捕。1830年5月30日，蒂博·尼哥罗被流放到苏拉威西岛的万鸦老，1834年又被押送到望加锡。1855年2月8日，他死于望加锡，终年70岁。

这样，由蒂博·尼哥罗领导的一场轰轰烈烈的爪哇人民大起义，便宣告结束。

民族民主运动的兴起

20世纪初，印尼一些民族主义政治团体纷纷建立。1908年5月20日，在雅加达宣告成立的崇知社（也称至善社），是印尼成立的第一个资产阶级改良主义组织。它主张爪哇民族的团结和协调发展，复兴民族文化，发展民族工商业，扩大爪哇人在行政机构中的名额，通过合法斗争实现上述要求和目标。崇知社虽然是一个改良主义组织，但它的活动对印尼民族的觉悟起了重要的推动作用。它是印尼民族运动兴起的重要标志，后来人们把它的成立日期定为“民族觉醒日”。1911年，梭罗花裙商发起成立的“伊斯兰商人联盟”，要求发展民族企业，维护伊斯兰商人的利益。第二年8月，这个组织改名为“伊斯兰联盟”，进一步提出鼓励民族企业、组织经济互助、促进当地文化与福利的发展，以及振兴伊斯兰教等主张。伊斯兰联盟成立后，产生了很大影响，参加这个组织的不仅有伊斯兰商人，而且有广大工农群众。参加这个联盟的一些激进派，主张积极开展反对荷兰殖民者的斗争。1912年，荷兰进步知识分子陶威士·德克尔在万隆成立东印度党，提出各族人民（本地人、荷兰人、华侨、阿拉伯人）团结起来，争取印度尼西亚的独立。1914年，印尼先进的知识分子和在印尼的荷兰左翼社会民主党人，共同组织了旨在传播马克思主义的“东印度社会民主联盟”。这个组织在1920年5月改名为印尼共产党。这个组织的建立，以及1917年苏联十月革命，促进了印尼工人运动的发展。1921年泗水码头工人罢工、1922年典当工人罢工、1923年铁路工人罢工、1925年三宝垄全市性罢工，促成了1926～1927年的印尼民族大起义。1926年11月12日，印度尼西亚共产党雅加达起义委员会和西爪哇万丹起义委员会，同时发动了雅加达郊区和万丹地区的农民起义。起义军以10人到100人组成一个小队，用匕首、大刀、长矛等简陋武器，向殖民当局发起进攻。他们砍倒电线杆，剪断电线，破坏公路和铁路。雅加达效区的起义农民攻入市区，占领电话局，袭击监狱和警察署，斗争持续了3天。万丹的起义农民夺取了甫拉安车站，打死民愤极大的反动官员。雅加达和万丹人民点燃的起义烈火，迅速扩大到勃良安、万隆、梭罗、北加浪岸和谏义里等地，遍及整个爪哇岛。起义活动坚持了近1个月。苏门答腊的斗争也是共产党领导的，主要发生在西苏门答腊的西弄杠、沙哇仑多、巴东西务苏等地。西苏门答腊的起义于1927年元旦举行。起义者逮捕了殖民政府官员，切断交通，夺取电话局，占领火车站，伏击殖民军。西苏门答腊的起义也坚持了1个月，零散的斗争直到1927年3月才最后结束。这次大起义沉重地打击了荷兰的殖民统治。大起义中大批共产党人被镇压和逮捕，1000多人被流放。起义被镇压后，共产党被宣布为非法组织，工农运动暂时走向低潮。不过，以苏加诺为代表的民族主义者，继续点燃起民族独立运动的火把。1927年6月，在苏加诺的倡议下，建立了“印度尼西亚民族主义者协会”，次年改称印度尼西亚民族党，苏加诺担任该党主席。这个代表民族资产阶级利益的政党，明确提出了争取印尼独立的纲领。该党还出版了《印度尼西亚团结报》。1927年12月，苏加诺又创建了“印度尼西亚民族政治团体协商会”（简称“印尼民族政党联盟”），这个联盟是由印度尼西亚民族主义协会、伊斯兰联盟、崇知社等7个政党团体组成，是一个统一战线的组织。1928年10月，印尼青年在雅加达召开第2届代表大会，会上一致通过了“青年誓言”：“我们印度尼西亚的儿女，承认一个民族——印度尼西亚民族。我们印度尼西亚儿女，承认一个祖国——印度尼西亚祖国。我们印度尼西亚儿女，承认一种语言——印度尼西亚语言。”这个青年誓言强烈表达了印尼人民为建立一个统一的民族国家及争取这个民族国家独立的坚强意志和决心。出于对民族独立运动的恐惧，1929年荷兰殖民当局逮捕了苏加诺，并宣布印度尼西亚民族党为非法。1930年苏加诺在殖民政府的法庭上发表了著名的辩护词——《印度尼西亚的控诉》，淋漓尽致地揭发和控诉了殖民主义的罪恶，并表达了印尼人民要求实现民族独立的坚强意志。印尼民族党被宣布为非法组织后，宣告解散。党内其他领导人沙尔多诺建立了印度尼西亚党，沙里尔和哈达建立了印度尼西亚国民教育党。1931年苏加诺获释，加入了印度尼西亚党，并担任该党主席，继续开展争取民族独立运动的斗争。1933年，苏加诺再次被捕，并被流放到弗罗列斯岛，直到1942年日本占领印尼后才获释。1933年2月，爆发了“七省”号军舰印尼海员起义。他们联络了一部分荷兰军官，乘舰长上岸之际，将军舰从苏门答腊开往泗水，要求释放因游行示威而被捕的海员。殖民当局派数艘军舰追捕，并派飞机轰炸，舰上官兵伤亡惨重，被迫投降。起义领袖全部殉难，许多起义者被捕和流放。1935年，印尼共产党领袖慕索从国外秘密回国，恢复党的组织。1937年，在共产党的建议和领导下，成立了公开的群众性组织——印度尼西亚人民运动党，开展反对当时企图称霸东亚的日本帝国主义的活动。1939年，印尼人民运动党和其他民主政党建立了统一战线，组成了印度尼西亚政治联盟。联盟的目标是争取实现印尼的自决，产生由民主选举的议会，实现印尼与荷兰协调一致，建立反法西斯统一战线。1939年12月，联盟在雅加达召开印尼人民代表大会，讨论成立议会。大会决议以印尼语为国语，红白旗为国旗，《大印度尼西亚》为国歌。大会提出的口号是“印度尼西亚要求一个议会”。1940年5月，荷兰被德国占领，但流亡在英国的荷兰政府仍通过雅加达的殖民政府控制印尼。1941年9月，印尼人民代表大会的领袖们在日惹开会，决定将“大会”改名为“印度尼西亚人民会议”。“人民会议”要求委派印尼人担任总督和各行政部门的副职长官，成立两院制议会，将荷属东印度改为“印度尼西亚”。当时的荷兰流亡政府拒绝了这些要求。