民国2年10月，船政后学堂改称为福州海军学校。同年，在全省范围进行首次招生，招生对象为初中毕业或具有同等学历的学生，年龄13～15岁。经3场考试，首批招收新生120名，其中驾驶专业60名，轮机专业60名。学校对学生的要求十分严格，入学6个月后举行甄别考试，不及格者淘汰。每学期期考不及格者退学。被退学开除者须赔偿在学期间一切费用。学生在学期间，课本、文具、制服、膳食、零用钱均由学校发给。

轮机科开设有国文、英文、代数、几何、立体几何、平面三角、球面三角、解析几何、初等微积分、物理、化学、电学、流体力学、材料力学、热力学、机械学、造船原理、副机机舱管理等30余门理论课程。课本均采用英国原版。公共课设有军训、体育、拳术和游泳。游泳不及格者退学。学生毕业后须在舰船上见习1年。

民国15年，该校与福州海军制造学校、福州海军飞潜学校合并，统称福州海军学校。民国32年，该校造舰班毕业学生1届、10人。至民国35年，轮机班共毕业学生6届、101人。抗日战争期间，该校先迁福州鼓山涌泉寺和湖南等地。民国27年10月，又迁往贵州桐梓。民国34年，由贵州桐梓迁往重庆。民国35年，并入青岛海军学校。至民国37年，航海班共毕业学生12届、253人。