标志酶指细胞中某细胞器或亚细胞结构所特有的酶，根据此酶的特异反应，可以对亚细胞结构进行定位或定性。如：

细胞结构　标志酶　主要作用

内质网　葡萄糖-6-磷酸酶　-

高尔基体　糖基转移酶　-

溶酶体　酸性磷酸酶　-

过氧化物酶体　过氧化氢酶　将过氧化氢(H2O2, Hydrogen Peroxide)水解

线粒体外膜　单胺氧化酶　-

线粒体内膜　细胞色素氧化酶　-

线粒体膜间隙　腺苷酸激酶　-

线粒体基质　苹果酸脱氢酶　-