1907年至1915年，台湾岛内共发生了十几次有一定规模的武装抗日活动。这些抗日活动有的是同盟会等革命党人领导的，有的是直接受到辛亥革命的影响或激荡而起，也有的是因不甘忍受日本殖民统治的压迫而起。这些武装抗日的斗争，是自1902年台湾人民武装反抗日本占领的斗争暂时沉寂5年之后的第二次武装反抗斗争的高潮。

新竹厅北埔有一个革命青年蔡清琳，平时向往朱一贵，怀抱覆满兴汉的愿望，对日本人的凶暴横行尤其愤慨。蔡清琳以孙中山的“兴中会”为榜样，组织“台湾复中兴会”，会员发展到400余人，蔡清琳任总裁，在台北、台中、台南各地设立了分会。

蔡清琳是北埔月眉庄人，当过脑丁、隘勇，对山地的情况熟悉与山地的原住民关系密切。曾因故被关进监狱，出狱后生活无着，于是萌生反抗日本殖民统治的念头。1907年11月，蔡清琳领导脑丁(采集樟脑的工人)、隘勇及山胞在新竹北埔发动起义，极大地震动了日本的殖民主义统治。

1907年11月间，日本总督佐久间左马太正加紧对山地原住民进行武力讨伐，因兵力不足准备征召北埔管内的隘勇，支持日军的行动，隘勇不愿前往作战。蔡清琳乘机揭露日军的暴政，声称已经与祖国的军队取得了联络，被任命力“复中兴联合队总裁”；清军下月就要在台湾登陆，只要起义响应便能驱逐日本人出台湾，鼓动人们起来反抗日本殖民统治。隘勇纷纷表示愿意参加抗日斗争，蔡清琳即组织骨干，秘密招募义勇100多人。蔡清琳又与山地同胞进行联络。山胞对日军的武力进攻痛恨万分，泰雅族的头目赵明政等立即表示愿意合作抗日。

11月14日深夜，蔡清琳亲率大坪义勇及大隘社高山族同胞，猛烈袭击北埔附近的鹅公髻日本警察派出所，杀死日本警察数名，又袭击大坪，杀死了许多在地方上作恶多端的日本人。到天亮时分，杀到北埔，开始攻击北埔支厅。北埔的日本人没有料到抗日义勇的突然袭击，措手不及，北埔支厅厅长、邮电局长以及警察等日人共计55名被杀。

日本殖民当局闻讯，急调混成步兵一中队，赶到北埔支援，会同北埔警察队共同向抗日义军进行反击，同时日本台中驻屯军也调来一大队，还有从其他地方调来的兵力，合力向起义军进攻。战斗到11月底，起义军寡不敌众，向北埔山地撤退。蔡清琳在纷乱中被捕，另有90余名起义民众死于日军的追杀中。日军仍不甘心，又动员军警、保长、甲长在北埔一带大举进行搜查，准备血洗北埔。后因当局担心由此引起全台民众更大的反抗，就暗中下令取消清乡屠杀，对于参加抗日的民众则加紧搜捕。至12月中，共有100余名民众被捕。蔡清琳等9人被判处死刑，97人判处无期徒刑，其余被判处各种刑罚。在各地遭搜捕株连的达2000多人。

北埔起义的规模不算大，时间也不长，但有高山族人民群众参加，是汉族人民和高山族人民联合的抗日武装起义，沉重打击了日本殖民主义的血腥统治。