北京动物园企鹅馆位于动物园南部，爱呢猫餐厅以南，北京动物园两栖爬行动物馆以西，与海獭馆相邻，占地约200平方米，全名为北京动物园蝙蝠企鹅馆。2004年国庆节期间正式对外营业。

一层的企鹅馆展示了6只洪氏环企鹅，原产秘鲁，属于濒危物种，企鹅馆为了让这些来自冰天雪地的“小客人”生活得舒服， 企鹅馆配备了四台空调，室温控制在20℃左右，水池温度不超过18℃。

企鹅馆下面的地下室是地下蝙蝠馆，展出60多只蝙蝠，是北京首家蝙蝠馆。