安徽省农业科学院棉花研究所于1957年1月创立，所址在安徽省淮北市濉溪县孙町集，1964年迁到安徽省安庆市东郊十魏路9号。现有在职职工39人，科技人员数27人（正高级3人，副高级8人，中级7人，初级9人）；工人数12人（技师2人，高级工6人，中级工4人）。具有硕士学位6人、本科学历20人、大专学历5人，行政人员5人属于兼职。2009年棉花研究所机构设置为办公室、科研管理科、科技开发中心、种子质量检验室。 棉花研究所从事的主要工作，开展棉花新品种选育和推广应用，研究高产优质棉花综合配套栽培技术以及棉花病虫害综合治理技术与棉花肥料配方和信息技术研究，有关棉花方面的科技咨询和科技服务等。

拥有高标准试验地6.87hm2，网室、病圃2000余m2，实验室、加工车间、仓库、低温库、办公室等建筑物10000m2，仪器设备价值500万元。

安徽省农业科学院棉花研究所是安徽省唯一的省级棉花专业研究机构。以棉花所为依托，国家农业部和省科技厅分别组建了“国家棉花改良中心安庆分中心”（农计函［2004］411号）。“安徽省国家棉花原原种扩繁基地”，2006年7月由省农委和省农业综合开发局联合批文下达皖农计[2006]200号。“安徽省杂交棉工程技术研究中心”，于2004年12月经省科技厅批准组建，科农社[2004]302号，通过2005～2007年实施，完成建设任务，于2007年12月通过验收。“国家棉花产业技术皖北综合试验站”，批准文件农科教发［2007］14号。

建所50余年来，经过几代棉花科技工作者的努力，建立了一支具有较强研究与开发能力的科技队伍，逐步成为全国棉花科研的重要力量。累计获省级以上科技成果45项。出版科技著作16部，在省级以上学术刊物发表论文240余篇。

“十五”以来承担了国家“863”、农业部、科技部、财政部及安徽省科技攻关、省自然科学基金、省财政等项目50余项，共取得科技成果12项，获省部级以上奖励6项，育成棉花新品种8个，其中皖棉13号、皖棉24号、皖棉27号等新品种先后被省农委确定为安徽省主导品种，累计推广近187万余公顷，创社会效益28亿余元，为安徽省棉花生产做出了巨大贡献。

每年有10人余次参加国内各种学术会议并交流论文，每年培训农民数千人次，积极服务“三农”。每年在《中国棉花》和《安徽农业科学》等刊物上发表学术论文10余篇。安徽科技网、安徽棉网、安徽农网，《安徽日报》、《安徽科技报》、《安徽电视台》等新闻媒体对棉花所科技成果进行了宣传报导。