琯头港位于闽江口，是福建四大古港之一的福州港的出海外港，史称北港。

港区上起东升新村，下至长门、凤窝，主航道长4.79公里，港区总面积约724万平方米，水道顺直微湾，岸线岸坡稳定，岸线长2公里，水深5～9米。5米深水域宽150～300米；10米以上水域宽约150米，平均距岸50米左右；最大水深达28米。　由琯头港出东海，历史上有3条航道：第一条航道是出长门，过双龟北行，由粗芦岛与官岐之间水道进入乌猪港，经定海湾、黄岐湾，过北茭鼻进入大海。第二条航道是出长门，过双龟东行，穿过粗芦岛与川石岛之间的五虎礁，进入烫斗水道出海，这是历史上的主航道。明永乐三年(1405年)，郑和下西洋即由五虎门出海，开航前还在粗芦岛福斗山筑坛祀南海神。第三条航道是出长门过双龟，沿东南行，穿过川石岛与壶江岛之间水道进入大海。清末，由于乌猪港和五虎附近海域日渐淤浅，大中船舶多改从此条航道出入，后成为闽江出口的主航道。出大海后又有三条航线：东行达台湾岛；北行经闽东沿海达浙江、上海、山东、天津和日本、朝鲜、韩国等国；向南行经海坛岛往广东、香港和东南亚各国。

琯头港历史悠久，但兴盛较晚。明末清初省内外商船多从潭头港(史称南港)出入，商务多云集长乐潭头。清乾隆末年，因潭头港淤塞严重，船舶才改从长门水道进入琯头港。至嘉庆元年(1796年)，琯头港逐渐取代潭头港而兴盛起来，罗源、宁德及闽东各地货物多在此集散。鸦片战争后，随着福州成为五口通商口岸之一，琯头港成为闽海关的监管区和大中商轮的寄锚地。从清末到民国初，国内山东、宁波、上海、天津等商船，以及英国、法国等外国商船频繁往来琯头港，“洋货”充斥市场，商旅云集，琯头镇商铺店号达四五百家。海关、邮电在琯头都设有分支机构。日本帝国主义发动全面侵华战争后，琯头港日渐衰落。民国政府为阻止日舰入侵福州、连江，令海军马尾要港司令部配合陆军第一○○军，自民国26年(1937年)9月3日起，至民国28年底，在长门口外构筑闽江口阻塞线。先后征集“靖安”、“建康”商轮、警艇、帆船等60艘，载满沙石，横列一线下沉。然后附以石块200万立方米，填筑石墩，遍布水雷，派舰艇巡逻守护。当时闽江口阻塞的航道有：粗芦岛福斗至乌猪航道2100米，共填筑石礅55礅；乌猪港东岸至下岐约700米，共填筑14个石礅；壶江岛至琅岐岛约800米，也抛填大量石块；梅花至琅岐岛填筑92个石礅。民国30年4月，日军侵占连江、福州等地，当年9月撤退前，用深水炸弹炸开福斗航道中填筑的石礅600英尺(180米)及乌猪港航道石礅400英尺(120米)，勉强供中小船舶通行。抗战胜利后，连江县参议会报请省政府清除闽江口封锁线障碍物，海军闽江江防司令部奉令开始起捞一些沉船和石块，后因内战而中止。

新中国成立后，对福斗航道和乌猪港进行大量清障工作，航行条件大为改善。但由于闽江口外的马祖列岛被台湾当局军队盘踞，外海商船减少，发展受到影响，年货物吞吐量仅在2万吨上下。中共十一届三中全会后，随着改革开放的深入和1979年后海峡两岸关系逐渐缓和，琯头港又进入新的发展时期。1981年货物吞吐量达10万吨，客运量达146万人次。1988年，琯头港辟为台轮停泊点，两岸贸易发展迅速，港口码头设施不断改善。至1990年底，港区已有码头15座，其中千吨油轮码头1座，100～500吨码头7座。1990年，开始在门边建设3000吨级对台贸易码头、在粗芦岛逢岐建500吨级码头，长门口外沿岸和岛屿还有17座小码头。