RMSD,root-mean-square deviation，也就是均方根偏差。就是结果构象和目标构象的的偏差统计RMSD计算前首先要把模拟结果构型进行平动和转动，使之与目标构型（一般为初始结构）进行尽量的overlap，然后计算每个原子与目标构型的坐标的差值！计算每个原子与目标构型的坐标的差值(r_i,c -r_i,r)，c,r代表存储构型和目标构型，i代表构型上的某个原子。RMSD就是这些差值的平方的平均，再开方！

RMSD是计算在某一时刻的构象与目标构象所有原子偏差的加和，对原子数的平均！每一帧有一个RMSD!因此是衡量体系是否稳定的重要依据 。