种子劣变（seed deterioration）是指种子生理机能的恶化。其实老化的过程也是劣变的过程，不过劣变不一定都是老化引起的，突然性的高温或结冰会使蛋白质变性，细胞受损，从而引起种子劣变。

种子劣变的一些表现为：①种子变色：如蚕豆、花生和大豆种子的颜色变深；棉花种子的胚乳可能变成绿色；谷类种子在高湿环境中胚轴变褐色；白羽扁豆种子随着老化而产生萤光等。②种子内部的膜系统受到破坏，透性增加。③逐步丧失产生与萌发有关的激素如GA、CTK及乙烯的能力等。④萌发迟缓，发芽率低，畸形苗多，生长势差，抗逆力弱，以致生物产量和经济产量都低。