扎陵湖鄂陵湖花斑裸鲤极边扁咽齿鱼国家级水产种质资源保护区总面积114200公顷，其中核心区面积为113600公顷，实验区面积为600公顷。核心区特别保护期为5月1日-8月31日。保护区位于青海省果洛藏族自治州玛多县境内，距玛多县城60余公里，范围在东经97°03'02"-97°54'57"，北纬34°45'30"-35°06'26"之间。核心区包括扎陵湖核心区和鄂陵湖核心区二个区域。扎陵湖核心区是由4个拐点连线所围的区域，面积为52600公顷，拐点坐标分别为（97°21'44"E，34°47'33"N；97°03'27"E，34°52'34"N；97°03'02"E，35°01'02"N；97°30'42"E，35°00'32"N）。鄂陵湖核心区是由7个拐点连线所围的区域，面积为61000公顷，拐点坐标分别为（97°30'49"E，34°51'52"N；97°36'02"E，34°45'30"N；97°53'46"E，34°48'00"N；97°54'57"E，34°51'05"N；97°48'25"E，34°54'23"N；97°47'53"E，35°06'26"N；97°37'40"E，35°01'26"N）。实验区是由3个拐点连线所围的区域，面积600公顷，拐点坐标分别为（97°21'44"E，34°47'33"；97°25'53"E，34°49'23"N；97°30'41"E，34°49'29"N）。主要保护对象为花斑裸鲤、极边扁咽齿鱼，其他保护物种包括骨唇黄河鱼、黄河裸裂尻鱼、厚唇裸重唇鱼、拟鲶高原鳅、硬刺高原鳅和背斑高原鳅。