所谓原理模型的综合，是指在抽象化和理想化的条件下，以反映对象的特性和规律的概念系统来描述对象的整体结构的一种综合。原理模型的建立，反映了综合已达到科学思维的高度抽象阶段。在现代科学思维中，原理模型往往与直观模型是相对应的，两者都是关于对象整体的综合认识。原理模型深化直观模型的认识，给直观模型以理论说明，而直观模型也给原理模型以简明的、形象的说明。

比如，在化学理论中，对于综合完成一个认识分子整体的原理模型来说，必须从概念上明确：首先，分子是由哪些性质不同的原子或原子团和多少原子组成?其次，原子或原子团间以什么方式相互联系和相互作用?原子或原子团的空间排列顺序、方向、角度和距离如何?再次，分子在整体上属于什么结构式?把这些问题的 基本概念弄清楚了，一个分子的整体结构的原理模型也就综合完成了。下面，我们以CnH2n+2的烷烃系列来看，最简单的甲烷分子也决不是1个碳原子和4个氢原子的简单相加，而是一个具有复杂结构的整体。其中碳原子的核外电子排布不是最低和最稳定状态的1S2,2S2，2P1x，2Ply的轨道，而是彼此间发生剧烈的相互作用和相互影响，1个2S电子获得能量跃迁至2Pz轨道上。

↑ │ ↑ 跃 迁 ↑ │ ↑ │ ↑

2Px 2Py 2Px 2Py 2Pz

↑↓ ↑

2S 2S

这样，就发生了一个S轨道与三个P轨道的杂化重叠作用，形成了四个具有新质的SP3杂化轨道。四个SP3杂化轨道的轴在空间的取向即相当于从正四面体的中心伸向四个顶点的方向，键角为109.5o，然后，氢原子的1S轨道又与SP3杂化轨道相重叠，这样，甲烷分子的结构就是一个正四面体的整体结构了。与此相应的甲烷CH4直观模型如下：