唐朝灭亡后的二百多年里，西域出现三国对峙的局面。于阗李氏王朝就是三强之一。 北宋时，西域已存在高昌回鹘汗国、于阗李氏王国、喀剌汗王朝三个并立的地方政权，它们之间因为宗教、土地等因素不断进行争斗，后来都沦为西辽的藩属。于阗王国历史悠久，自汉魏以来一直与内地中央王朝密切联系。

“安史之乱”之后，于阗曾受到吐蕃的奴役，到九世纪中叶，吐蕃势力被西迁的回鹘人驱逐，912年， 尉迟婆拔继位当上了于阗王，自称为唐朝的属国，并改姓尉迟氏为唐朝的国姓李氏，称“李圣天”。因此，于阗政权被称作“于阗李氏王朝”。回鹘西迁时曾有一支到了于阗地新复州，史称“新复州回鹘”。 于阗李氏很可能就是回鹘人。 至少这个以他为主的王朝同回鹘哟很密切的关系。李圣天崇尚佛法，十分仰慕华夏文化，不仅改姓， 而且模仿汉人的衣冠服饰，采用同庆等年号，它们推行的行政建制和职官制度也模仿唐朝。它们所建造的金册殿、丹凤楼等宫殿，也都面向唐朝所在的东方。

962年，于阗李氏王朝受到推行伊斯兰教的喀剌汗王朝扩张的进攻，李圣天曾经多次向北宋求援，宋朝尚在建国初期，南方尚未统一，北方还有其担任建立的辽朝对峙，实在无力派兵相救。于阗王国与喀剌汗王朝进行了顽强的抵抗，直到公元1001百喀剌汗朝的军队攻破国都，李氏王朝灭亡，役属喀剌汗王朝。于阗民间至今还有于阗和喀喇汗王朝“百年宗教战争”之说。于阗王国历经汉、魏、晋、南北朝、隋唐、五代、北宋及辽等朝代，与中原王朝的联系不断，朝贡不绝，其王朝至少跨越了13个世纪，无疑是中国历史上最长命的王朝，如此惊人的生命力与延续性，即便是在整部世界史上都是相当罕见。

喀剌汗王朝、高昌回鹘王国、于阗李氏王朝， 三国的首领都认为自己与中国皇帝是外甥关系，可见无论三国怎样争斗，西域三国都不过是窝里斗的家务事，既是三个地方政权的争斗，也是宗教势力之间的争斗。在北方，喀剌汗王朝遇到了比于阗强大夺得阻力，当时信仰佛教的高昌回鹘国的领袖，包括客车、且末、高昌等地，都对喀剌汗朝的扩张进行了坚决抵抗，致使伊斯兰教势力从13世纪直到14世纪都未能超过客车一线。伊斯兰教在西域的传播，经过了西辽时期、察合台汗国时期，直到东察合台汗国的秃黑鲁汗时期，成为清一色的穆斯林，伊斯兰教在西域的传播，新疆境内的佛教洞窟寺院作为历史遗迹存留至今，仿佛在诉说着他们的不幸。喀喇汗王朝和于阗佛教王国的这场旷日持久的宗教战争，时间之长在世界历史上是罕见的。在近一个世纪的时间里，塔里木盆地西部至南部地区成为刀光剑影、硝烟弥漫的战场。长期的战争给南疆地区的社会经济造成了空前严重的破坏，给广大劳动人民带来了沉重的灾难。千百万人或家破人亡，或流离失所，人口锐减，田园荒芜，严重阻滞了南疆社会的发展。