杨昌栋，福建平潭县人，清光绪二十三年(1897)生于梧井村(今苏沃镇)。杨家世代务农，一家人均为基督徒。昌栋兄弟4人，家境贫寒，父母见昌栋自幼聪明，就节衣缩食供他读书。昌栋5岁起在私塾读书，课余从事割草、放牛等农活。14岁到福清融美学校就读，17岁入福州格致书院，学费由学校补助解决。

民国8年(1919)“五四运动”期间，昌栋积极参加爱国运动，回平潭联合进步青年上街游行，宣传抵制日货。民国10年秋，格致书院并入福建协和大学，民国14年初毕业，获文学士学位，回平潭开宗中学(后改为岚华中学)任校长。同年秋，入燕京大学攻读神学，民国17年获神学硕士学位。他的论文《基督教对中古欧洲的贡献》获得教会人士的好评。后该文经补充、修改成书，约40万字，由上海光学会书局出版。

昌栋毕业后在平潭基督教苏沃教堂任牧师，并在梧井村、钟门下村、大练岛等地建立支堂。民国19年，昌栋应聘到福清龙田的融美中学任校长。民国22年秋赴美国新泽西州耶鲁大学留学，仅用一年时间就修完全部课程，获社会学博士学位。

民国23年，杨昌栋学成回国，任福州协和农业职业学校校长。他到任后大力发展该校勤工俭学的传统，使许多贫苦学生得到就学的机会。民国27年，昌栋兼任福建协和道学院院长，遂定居福州仓前山。他把道学院的学制改为5年，第一年在道学院学圣经，第二、三年到协和农业职业学校学农业课程，第四、五年再回道学院学神学课程。这样使道学院的学生适应农村的传教活动。

民国30年，日军进攻福建沿海地区，美国卫理公会在福建及附近沿海各县所办的10所中学联合组成卫理联中，昌栋为校长，先迁闽清再迁顺昌办学。他率领师生，勤俭办学，发展生产，克服种种困难，使学校得以在顺昌继续办学。民国31年秋，昌栋专任道学院院长，民国34年秋，道学院迁回福州成立福建协和神学院，昌栋任院长。他一面与南京金陵协和神学院合作，使福建协和神学院的学生读完两年课程后，可以去金陵协和神学院再念两年后毕业；一面与福建协和大学以及华南女子文理学院合作，凡是正式高中毕业后入协和神学院者，念完两年之后，男生可到协和大学再读两年，女生可到华南女子文理学院再读两年后毕业。

民国36年夏，昌栋受聘为福建协和大学代理校长，他努力团结全校师生员工，协调学校同政府、教会各方面的关系，以发展教育事业。他聘请郑作新、严叔夏等著名教授加强师资力量，还派遣林兰英、赵修复、林一等优秀青年教师到美国深造，并积极从事改造农村工作，提出：“学校要联系农民，教育服务农村。”但由于国民党政府发动反共反人民的内战，校内不断爆发学生革命运动，遭到反动当局变本加厉的镇压。昌栋感到国事日非，学校已无法正常办学，于民国37年10月7日向校董会请求辞职。未准，不久又再次坚辞。校董会不得已于12月4日决定，准他请假休息。

民国38年5月，昌栋再次赴美进修。中华人民共和国成立后，他决意回国参加建设，于1950年秋同300多位旅美中国学者及留学生一道回国，受到党和人民政府的欢迎，任卫理公会福州年议会主席；福州天安堂主任牧师，并积极参加基督教“三自”爱国运动。1954年3月，他作为福州基督教代表之一参加全国的基督教代表会议。1956年6月，福州市第一届基督教三自爱国运动委员会成立，杨昌栋任副主席。其后连任市第二届、第三届副主席，并担任省第一、二、三届基督教三自爱国委员会副主席，全国基督教协会委员。1981年担任市基督教教务委员会总干事，为落实党的宗教政策、开展基督教三自爱国运动作出贡献。

昌栋还先后被选为福州市政协委员、福州市人民代表、省文史馆馆员。他虽然在社会上有相当的地位，但始终保持勤俭朴素的生活作风，喜欢种植蔬菜，饲养良种禽畜，自食其力。1983年，杨昌栋病逝，享年86岁。