安徽省农业科学院农业工程研究所在安徽省农业科学院原子能农业应用研究所的基础上更名扩建、学科调整，于2008年11月经安徽省编制委员会（皖编办[2008]253号文件）批复成立，主要职责是开展农业机械装备、农业节水工程和农艺、农机、农技配套集成等农业工程技术研究与技术服务。2009年10月，安徽省农业科学院机关后勤服务中心职能及部分人员划入农业工程研究所。安徽省农业科学院农业工程研究所主要从事农业工程研究、规划、设计和建设任务，并承担安徽省农业科学院的后勤公共服务职能。

安徽省农业科学院农业工程研究所前身是原原子能农业应用研究所，坐落于合肥高新技术产业开发区，是安徽省农业科学院根据国家“发展高技术、实现产业化”的科技发展战略，经皖政办[1995]53号文件批准成立的集核农学科研、开发、对外服务于一体的新兴现代化研究所。

原原子能农业应用研究所研究内容涉及农学、分子生物学、环境、园林、核技术应用等学科，先后承担了国家、省部级和市级科研项目20余项，在水稻辐射诱变育种技术研究，农用超高吸水性高分子材料辐射合成，果蔬、水产品辐照保鲜技术等方面都有所建树，获得省级科研成果6项。其中，获安徽省科学技术进步奖三等奖2项，第六届中国花卉博览会科技成果奖二等奖1项；获国家授权发明专利6项。发表学术论文44篇。2002年被安徽省直机关文明委命名为2001年度省直“三优”文明单位，2008年被中共安徽省直工委命名为2002～2007年度省直“三优”文明单位。

农业工程研究所2009年主持承担的项目有13项，其中，安徽省农业成果转化资金项目“NK抗旱保水新材料中试”1项，农业部项目子专题“核技术农业应用”（农业部公益性行业科研专项）1项，安徽省财政科技项目“现代农业科技园区优化设计示范”、“农业工程规划设计平台建设”、“村用沼气集约化发展关键技术研究”等7项，安徽省国际科技合作计划项目“加拿大园林彩叶植物品种及其专用育苗技术的引进”1项，安徽省国际科技培训项目1项，安徽省引智项目1项，安徽省农引推项目1项。

2009年底安徽省农业科学院农业工程研究所在职职工49人，其中，科技人员26人，（高级职称 7人、中级职称12人、初级职称7人），工人23人；退休职工1人。学历：硕士9人，本科11人，大专7人；在读博士1人，在读硕士3人。中共党员30人。