西江赤眼鳟海南红鲌国家级水产种质资源保护区总面积2300公顷，其中核心区面积为920公顷，实验区面积为1380公顷。核心区特别保护期为4月1日-7月1日。保护区位于广东省云浮市南江口河段，范围在东经111°48′42″-111°54′13″，北纬23°08′17″-23°06′01″之间。核心区位于南江口镇到讴塘江段，范围在东经111°48′42″-111°49′27″，北纬23°07′43″-23°08′17″。实验区分三部分，第一部分位于南江口镇-南瑶，范围在东经111°48′42″-111°49′27″，北纬23°7′43″-23°8′50″；第二部分位于讴塘-下咀，范围在东经111°51′55″-111°54′13″，北纬23°6′1″-23°7′43″之间；第三部分位于南江河河段从河口往上游约4公里，范围在东经111°49'15"-111°49'14"，北纬23°07'43"-23°06'01"之间。主要保护对象是赤眼鳟、海南红鲌和黄尾鲴，其他保护物种包括鳗鲡、花鲈、鮻、鳡、鳤、青鱼、草鱼、鳙、鲢、鲮、鲫、团头鲂、广东鲂、鳊、蒙古鲌、红鳍原鲌、银鲴、斑鳠、黄颡鱼、黄鳝、大眼鳜、斑鳢、日本沼虾等。