庭院生态系统（Garden Ecosystem）是从微观角度以户为单位经营生态农业的最佳生产型式。以农户为独立的经济实体，用运生态经济学原理，通过生态工程设计，按照食物链、加工链的循环模式，将家庭种植业、养殖业和加工业有机结合，进行综合性商品生产，从而形成的小型集约型生态经济系统。亦是一个对庭院资源（指土地、独特的生态环境、农村剩余劳动力）合理开发利用，变消费土地为生产土地、使农村庭院变成多业并举的独特生态体系。是农业生态系统的一个重要组成部分。理论基础是充分利用植物的光合作用，不断提高太阳能转为生物能的效益，在转变过程中充分发挥微生物的作用，以加速能流和物流在生态系统中大的循环过程，不断提高系统的生产能力。

庭院生态系统的环境因子，一般包括三个基本组成部分：所在地区的自然环境，人工建造的环境和社会经济、人文环境。