台湾大学兽医专业学院历史可以追溯到台北帝国大学理农学部下设的畜产学讲座。台北帝国大学于1943年时将畜产学讲座改为兽医学科，其下增设为：畜产学I（教授微生物与基础课程）、畜产学II（教授有关畜牧学科）、家畜解剖学、家畜病理学及家畜卫生学等（教授有关兽医学科）共五个讲座。到了1945年才有7位第一届毕业生（皆为日本籍）。

1945年，台湾光复回归祖国怀抱，11月15日更名为国立台湾大学农学院畜牧兽医学系。1946年畜牧兽医学系首次招生，为我国籍首批学生。因此直至1950年才有中国籍的畜牧兽医学系第一届毕业生。

1952年农复会（后改为农发会，即目前“农委会”前身）美籍顾问前美国科罗拉多州农工大学兽医学院院长暨大学校长钮森博士（I.E. Newsom）ㄞ建议农复会在台大农学院设立家畜医院，故进行附设家畜医院兴建工程计划，1955年5月16日一期工程完工，家畜医院落成启用； 1956年二期工程完工，为二层楼建筑，为纪念钮森博士对该系的贡献，因而命名为钮森馆。1956年8月兽医组师生迁入钮森馆研究与上课。1955年8月，畜牧兽医系分为畜牧及兽医两组招生，.兽医组修业期间仍为四年，毕业时授予农学士学位，该系由此进入一个新局面。1957年聘美国加州大学Davis兽医学院副教授James R. Douglas来该系担任客座教授，讲授病理学，并办理全国兽医人员家畜寄生虫研讨会。

1959年8月畜牧兽医学系兽医组改制为兽医学系，修业期限改为五年，毕业时授予兽医学士学位，此为该系另一个新的里程碑。

到了50年代初期，该系在稳定中求进步，制度上少有改变，人事上有些许更迭，逐渐聘入该系系友从事教职工作。1968年8月增设研究所硕士班，修业年限为2-4年，毕业时授予兽医学硕士学位，这是一个划时代的开始。设立硕士班後，该所毕业生纷纷投入全国中、高等兽医教育体系中，贡献所长，该所的成立对于台湾兽医教育体系的师资培育有其不可抹灭的重要性。

1971年农学院开办在职进修制度，提供全岛畜牧兽医同业进修机会，对于产业界新技术的吸收及提升有显著贡献。1972年12月9日系上教授在没有其他外援下，独力创立国际人畜共同疾病研究所，并于1974年国际人畜共同疾病研究所开始出版国际学术期刊。

1977年进一步设立博士班，修业年限为2-6年，毕业后授予兽医学博士学位，完整的兽医教育体系与焉成立。

同年，由农发会资助兴建的大动物馆完工。另因教研所需，向校方争取兴建实验动物馆，获得同意并兴建完工，该馆坐落在大动物馆旁，为两层楼房建筑。一楼为经济动物实验区，二楼为啮齿动物及家禽实验区，并设立数间研究室及实验室供研究生使用。7月17日该系荣获台湾当局“教育部”「大学农学院评鉴」，有关教学、研究、图书、设备、毕业生就业、教师研究成果等六项，评鉴结果均优，为当时全台农学院中首屈一指的系所。

1984年该系教师仅有12名， 而大学部学生约200人，研究生30人，师生比例为1：19，每位教师必须负责三至四门兽医专业课程，在师资极度不足的情况下，教研品质皆无法提升。有鉴於此，教育部於1987年8月以专案拨款委托台湾大学农学院成立「兽医教育改革计划」专案研究小组，经多次研议，於1988年10月向教育部提出「兽医教育改进计划书」，民国78年5月再由当时教育部长亲自主持「研讨兽医教育计划修正会议」，正式确定我国兽医教育之改进方向。会中决议分段进行下列各项工作，包括：增班招生、增聘师资、先扩大学系後并设十门学科，後增为十五门学科、新建动物医学教学医院、加强临床兽医学之教学及研究、培训动物种别的专业兽医师、成立兽医学院。该计划由1987年推行以来，先後完成：（一）增班招生：於80年度起增加招生一班，成为双班招生。（二）增聘师资：由80学年度起，每年应可增聘四位师资，但校方规定每年扣留一位，因而仅增聘三位。（三）新建动物医学教学医院：於1995年5月完工，提供该系及拟增设的临床兽医学研究所作为主要的教学、实习及研究场所。该系从80学年度增班招生，师资人数也逐年补增，现在有专任教师33名，兼任教师18名，这使得该系的研究发展及教学，在各层面上均较数年前已有大幅度提升。此外，更添购教学设备，其长期发展的目标在於成立兽医学院。农委会有鉴於该系有成立兽医学院之计划，连续五年编列贵重仪器设备费以支持该计画之推动，於民国83年9月21日该系穿透式及扫描式电子显微镜始得以安装完成，并陆续添购多项先进的研究教学仪器。

由于兽医公共卫生学的渐趋重要，1993年于兽医学研究所增设兽医公共卫生学组。1995年4月28日香港学术评审局来访并针对该系进行认证。1998年1月20-21日香港兽医管理局委托香港学历评审局组成7人评审委员会莅临该系对学生之学历进行评审，同年5月22日居住香港的系友转告，香港学历评审局向香港兽医管理局提出的国际评鉴报告，认为该系的基础课程、临床训练、学生、教师素质、设备等均已达国际水准，该系毕业生可无条件在香港迳行注册为执业兽医师。

2003年开始兴建「动物疾病与畜产品卫生检测技术开发中心」之动物实验大楼（今兽医二馆）及行政与研究大楼（今兽医三馆）。至此，该系教研环境由兽医一馆、二馆、三馆所组成。为了促进对人畜共通传染病的监测、诊断与预防的研究、推广及教育训练，2006年成立「人畜共通传染病研究中心」。同年兽医学系开始接受大学甄试（个人申请）入学方式，民国96年接受大学入学推荐甄试（高中学校推荐）；而「人畜共通传染病实验室」于此年11月16日正式揭牌启用。有鉴于社会对於高素质临床兽医需求的增加以及培育未来临床教学人才，同年成立「临床动物医学研究所」并招生，分成大动物及野生动物组以及伴侣动物组，临床动物医学研究所并与动物医院合作，也招收全职小动物内外科住院医师，接受为期三年的专科住院训练。2008年8月1日兽医专业学院正式成立，在亚洲及中国大陆等邻近国家近年来均已纷纷改制成兽医学院以因应时代需要的同时，兽医专业学院亦奋起直追，并期许未来在国际兽医科学社群中能贡献一己之力。