生态指示种是能指示和判断自然环境的类型和特点的生物的总称。植物经常被用作水和土壤状况的指示生物。杂草群落的种类组成是农业生产潜力的最好指标。果松和桧树叶片中铀含量超过2mg/kg（灰分重）表明地下埋藏着有开发价值的铀矿。黄芪属（Aslragalus）植物是硒的指示生物，芥类和百合是硫的指示植物，它们都有探索铀矿的指示作用。早在1894年，梅里安（C.H.Merriam）就提倡利用无脊椎动物和植物作为温度带的指示生物。