上海交通大学新华临床医学院原名为上海第二医科大学儿科医学院、新华临床医学院。上海第二医学院儿科系建立于1955年，1958年迁至新华医院，1988年增设临床医学专业。于1994年改制为上海第二医科大学儿科医学院和新华临床医学院，2005年7月与上海交通大学合并后改名为交通大学新华临床医学院。

上海交通大学新华临床医学院在上海交通大学医学院附属新华医院内，设有16个临床教研室，4个教学基地——上海市儿童医院、上海市精神卫生中心、瑞金医院（传染科）、江浦街道医院。学院医院现有博士生导师42名、硕士生导师181名，设有临床博士后流动站，博士专业点8个，硕士专业点25个；承担八年制临床医学（儿科学课程）、七年制临床医学专业、五年制临床医学专业、成人教育临床医学专业专升本等教学任务，同时还接受外地徐州医学院麻醉系专业、江苏大学和温州医学院检验系专业、苏州大学临床医学专业（儿科班）等学生的实习教学。先后培养了本科生5000名、硕士340人、博士112人、博士后3名。

新华临床医学院在儿科教学方面有着悠久的教学历史，拥有雄厚的师资队伍，有着丰富的临床教学经验。目前在八年制临床医学儿科学课程中率先采用原版教材实行“双语教学”和PBL教学。