上海海事大学作为中国国内较早开展航海教学和科研实践的高等学校之一，在现代航海教育和科研方面已经形成了独具特色的优势，航海类专业是学校重点规划建设的本科专业。航海教育按教育部本科培养方案及STCW78/95公约和中华人民共和国海事局的有关规定，注重创新性和实践性双重教育。

1985年，为加强实验室人力和资源的专管、共用，进行了实验室体制改革，成立航海技术实验中心和轮机工程实验中心，把原隶属于各教研室的各专业实验室归并后分别隶属于航海系和轮机系管理。1990年，被评为交通部实验教学先进集体，推广实验中心管理体制。1995年4月，海运学院把航海系、轮机系、轮电系组建为商船学院，将航海技术实验中心和轮机工程试验中心合并成立航海实验中心。

随着航海技术和轮机工程学科的发展，航海实验中心不断发展壮大，本中心由十二个实验室（即航海、船艺、船舶通信导航、货运技术、航海模拟器、主机、辅机、自动化机舱、轮机模拟器、船舶电站、热能与动力工程和轮机自动化）、一个水上训练中心、一个创新基地（热能与动力工程创新基地）、一艘教学实习船（“育锋”轮）以及海上智能交通、智能船舶与交通环境、船舶运用工程与货运技术、船舶安全与管理工程、船舶新能源及现代轮机管理与信息技术等6个研究型实验室组成。在商船学院统一领导下，管理体制以“中心”为框架，由教研室和研究所实施归口管理，其中教学实习船“育锋”轮由学校职能部门负责管理。

航海实验中心隶属于商船学院领导，支持“航海技术”、“轮机工程”、“船舶电子电器”、“热能与动力工程”4个本科专业；“载运工具运用工程”、“交通信息工程及控制”、“轮机工程”、“制冷及低温工程”以及“交通信息工程及控制”5个硕士点；“载运工具运用工程”、“交通信息工程及控制”和“轮机工程”3个博士点。

2008年，航海实验中心整体搬迁到临港新城上海海事大学45000平方米的商船学院新校区，航海实验中心的使用面积为22747平方米，设备台件数1749件，设备总值达到1.2643亿元。设备完好率到达97%以上。

截止到2009年5月底，上海海事大学航海实验中心已经成为一个具有现代化特征、凸现航海教育特色、面向本科生和研究生的关键型实验中心，建成和基本建成了一批重大实验室项目，例如在实验楼中，投资1400万元设备费，自行研制的360度立体视景全功能大型船舶操纵模拟器已于2007年11月建成；交通部批复的“上海海事大学水上训练中心”工程接近尾声，总建筑面积达5843平方米，工程总概算为2998万元，其中设备费1364万元；投资720万元自行研制的多船型船舶机舱模拟器已于2008年10月建成；投资622.5万元用于教学研究型的船舶辅机实验室已基本建设完成。

此外，交通部批复的3200万元并用于“现代船舶通信导航与信息技术实验中心”项目也已展开；投资3000万元的船舶综合机舱实验室正在建设之中；另有500万元设备添置计划已获学校批准。2007年轮机工程学科被上海市教育委员会列为重点学科，市教育委员会和学校在5年内拨款1000万元用于本学科的建设。2008年轮机工程专业成为上海市第三期本科教育高地建设项目之一，其中拨款500万元用于专业实验室建设。这些项目均将进一步促进航海实验中心的建设和发展。