蓬莱牙鲆黄盖鲽国家级水产种质资源保护区总面积1984公顷，其中核心区面积1609公顷，实验区面积375公顷。核心区特别保护期为褐牙鲆保护期4-6月，钝吻黄盖鲽保护期3-5月。保护区位于胶州半岛北端、山东省蓬莱市的近海海域，东起西庄，西至林格庄，范围在东经120°38′45.72″-120°42′47.40″，北纬37°48′32.76″-37°51′30.42″之间。核心区是由5个拐点顺次连线围成的海域，拐点坐标分别为（120°40′34.86″E，37°48′56.82″N；120°38′51.72″E，37°50′30.30″N；120°38′45.72″E，37°51′30.42″N；120°41′57.90″E，37°51′16.20″N；120°42′28.68″E，37°50′18.72″N）。实验区是由4个拐点顺次连线围成的海域，拐点坐标分别为（120°40′34.86″E，37°48′56.82″N；120°42′28.68″E，37°50′18.72″N；120°40′34.86″E，37°48′56.82″N；120°38′51.72″E，37°50′30.30″N）。主要保护对象为褐牙鲆、钝吻黄盖鲽等主要经济鱼类，其他保护物种包括中国对虾、皇姑鱼、花鲈、鮟鱇、虎鲸、小江豚、太平洋丽龟、文蛤等。