根据组织学观察、外观特征及其再生性、再生方式等，愈伤组织分成两大类：胚性愈伤组织（embryonic callus，EC）和非胚性愈伤组织（non-embryonic callus，NEC）。一般胚性愈伤组织质地较坚实，颜色有乳白色或黄色，表面具球形颗粒，其生长缓慢；从细胞学来看，胚性愈伤组织由等直径细胞组成，细胞较小，原生质浓厚，无液泡，常富含淀粉粒，核大，分裂活性强。

胚性愈伤组织又可分为致密型胚性愈伤组织和易碎型胚性愈伤组织。这两类胚性愈伤组织都能在分化培养基上再生完整植株。