多孔动物胚胎发育形成囊胚后，动物极的小分裂球向囊胚腔内生出鞭毛，另一端的大分裂球中间形成一个开口，然后整个囊胚从开口处翻转出来，于是成为小分裂球鞭毛向外的两囊幼虫。随后两囊幼虫里靠母体在水中游泳一段时间，接着具鞭毛的小分裂球内陷形成内层，而大分裂球留在外边形成外层。这种与其他多细胞动物原肠胚的形成层次正好相反的特殊现象称为胚层逆转。

那么为什么会有胚层逆转这个名字呢？是因为本质上多孔动物在发育时经过逆转，植物极发育为外胚层，动物极发育为内胚层，这与普通的动物完全不同，所以称为胚层逆转。