位于白云山南面山麓登山公路的左侧。广州市白云山建设管理处1995年4月刻石《能仁寺简介》记载：“该寺由幻寄、惟中建于清咸丰、同治年间（按：1851—1874），其地即宋代之玉虹洞（又名‘玉虹涧’），涧上有小隐轩，为李昴英当年解职归隐于文溪（按：今长塘街）后，慕白云山之胜，在此疏泉凿石，辟地为亭，雅集友朋吟唱之所。”同治年间《番禺县志》卷二十四载：“能仁寺在白云寺东南，即旧玉虹洞故址，道光四年（按：1824）建寺，右有虎路泉。”1924年5月17日孙中山先生偕夫人宋庆龄在国民党中央军事部长、建国粤军总司令许崇智，大元帅大本营秘书长古应芬以及邵元冲、黄惠龙、侍卫长马湘等十多人陪同下，浏览了白云山，并在能仁寺小憩。几天后，又返回能仁寺休养。1937年日军侵华，1938年10月广州沦陷，能仁寺被日军烧毁。1993年秋，在广州市人民政府的重视和关心下，于原寺基位置上重建能仁寺，历时一年多竣工。

能仁寺从北朝南，依山势而建，前、中、后共有3座主体建筑，分别是天王殿、大雄宝殿、慈云殿。大雄宝殿左侧建有六祖殿和地藏殿，右侧建有供游人香客小憩的小隐轩。整座能仁寺恢弘雄大，四面环山，树木茏葱，清静肃雅。占地1万多平方米，建筑总面积逾千平方米。

能仁寺的山门，为两柱一门一楼牌坊，五架人字顶，砖、木、石结构。门额为原石，正面阴刻“能仁古寺”，上款“咸丰元年（按：1851）孟冬毂旦”，落款“南海何庭修书”。背面门额阴刻行书“同登彼岸”。

山门后为拾阶而上的幽径，通上前殿—天王殿。天王殿建筑面阔三间，进深两间，回廊周匝。建筑平面总阔10.2米，总深6米，占地61.2平方米。重檐歇山顶，人字封火山墙做法。素瓦盖面，灰色陶塑琉璃瓦筒，琉璃瓦当剪边。梁、柱以及屋顶均用钢筋混凝土捣制，四周檐下施以木斗栱。正门上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“金刚法界”4个行书金漆大字。 正间前后开门口。两次间前后墙上安装木雕圆花窗，殿中正面供奉天王金漆塑像一尊，背面供奉韦驮金漆立像一尊。

天王殿左右建有钟楼、鼓楼，各高两层，其建筑形制相似，歇山顶，人字封火山墙，顶尖立陶塑飞龙，八脊飞檐，各吊一个铜风铃。四周檐下施以木斗栱。首层砖砌墙体，长、宽各4米。第二层墙体四面安装有“亚”字形木格活动窗，每面四扇。外围回廊护栏。钟、鼓楼与天王殿以围墙相连。两边围墙各开一山门通内外，天王殿后建有一长走廊，连接钟鼓楼。

天王殿前为宽阔的地坪，面积469平方米，地面铺砌边长0.60少的花岗岩打磨方砖，边缘三面砌有护栏，正面护栏下为石砌挡土坡墙，坡面用水泥塑出“无尘境界”4个红漆大字。

中殿为大雄宝殿，面阔七间，进深五间，回廊周匝。建筑平面总面阔23.4米，总进深15.3米，建筑占地面积358平方米。重檐歇山顶，人字封火山墙。九脊飞檐，正脊塑有三龙，中为蟠龙，左右为飞龙。飞檐上各塑一龙，龙头朝正脊，飞檐下各吊一个铜风铃，素瓦盖面，灰色陶塑琉璃瓦筒，琉璃瓦当剪边，四周檐下施以木斗栱。梁、柱、屋顶均以钢筋混凝土捣制。正间开大门口，大门上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“大雄宝殿”4个隶书金漆大字。次间、梢间正面墙上安装“亚”字形木格窗棂，其余三面为砖砌墙体。大雄宝殿占地面积1210平方米，周边地坪铺砌长0.60米的花岗岩打磨方砖，边缘砌筑石栏杆。正面石栏杆下为石砌挡土坡墙。殿内正中供奉三尊金漆立佛像，居中为释迦尼佛，左为药师佛，右为阿弥陀佛。两梢间分别供奉十八罗汉金漆像。

大雄宝殿左边为六祖殿和地藏殿，两殿相连，坐北朝南。面阔六间20.4米，进深两间8米，主殿前带轩廊。硬山顶，人字山墙，以通花陶塑砖装饰瓦脊，前坡顶为重檐，素瓦盖面，灰色陶塑琉璃瓦筒，琉璃瓦当剪边。梁、柱、屋顶为钢筋混凝土捣制。六祖殿正间为大门口，大门口上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“六祖殿”3个金漆大字。两次间正面安置“亚”字形木格窗棂，其余三面砌砖墙。正间供奉六祖金漆立像。地藏殿与六祖殿相仿，殿中供奉地藏王金漆立像。大雄宝殿右边为玉虹涧、虎跑泉以及供游人香客小憩的隐轩。

后殿为慈云殿，与大雄宝殿建筑相仿。面阔五间，进深三间，回廊周匝。建筑平总面阔16.2米，总进深10.2米，占地面积165.24平方米。正间大门上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“慈云殿”3个隶书金漆大字。殿内供奉观音菩萨金漆佛像及金童玉女像。慈云殿左上方为能仁寺后山门，可通往山顶公园，右方为茗静苑，后方紧靠绿树丛生的山坡，前方为开阔的地坪，慈云殿占地面积540平方米。殿前地坪边缘石栏杆下为石砌挡土坡墙。墙下有一泉眼，名为“甘露”。泉水不断涌出，漫出泉台地面。