内变形虫科（Entamoebidae）是原生动物门、肉足亚门、根足超纲、叶足纲、裸变形虫亚纲、阿米巴目、管口亚目的一科。
营养期比较小。通常寄生于宿主消化道内，除个别属外，均无伸缩泡。以二分裂法繁殖。有的可形成包囊，为内变形虫的传染型。呈球形，卵圆形或不等型，对外界环境有一定的抵抗力。寄生于淡水鱼类有2属，细胞核之结构是区分属的依据。
内变形虫属 Entamoeba Casagrandi & Barbagallo，1895
寄生于我国淡水鱼的仅有1种――鲩内变形虫E. ctenopharyngodoni Chen 寄生于草鱼后肠。