清代书院之一，在江苏江阴县。光绪十年（1884年），江苏学政黄体芳所建。清兵部尚书、两江总督左宗棠奏拨长江水师京口、游击协镇两署故址及白银贰万两协办书院，书院命名取朱熹名言“南方之学，得其菁华”之意。

学生学习经史词章，兼习天文、算学等。刊有《皇清经解续编》一千四百三十卷及《南菁丛书》、《南菁札记》等书籍文献。废科举后改为南菁学校（南菁高中）。