南门峡镇位于互助土族自治县县境西北部，距县府驻地20千米。人口2万，以汉族为主，还有藏、土、回族。总面积265.3平方千米。辖却藏寺、磨尔沟、大老虎沟、祁家庄、西坡、麻其、七塔尔、东沟、尕寺加、西山根、峡口、北沟脑、古边、卷槽14个村委会。

原属大通县隆旺乡，1954年划归互助县，1958年与丰稔乡合并为却藏寺乡后并入五峰公社，1959年分设南门峡公社，1983年改设南门峡乡。2001年3月19日青海省人民政府青政函[2001]20号文批复：撤销南门峡乡，设立南门峡镇。