1931年,南开学校学生严仁颖、张锡祜、孔心语等组织创立了南敏体育会,设有足球队、排球队、田径队、篮球队等运动队。...南开田径队运营而生。

重庆南开体育方面成绩突出，其中2000年获重庆市传统项目学校篮球比赛（女子组）第一名，重庆市首届重点中学学生田径运动会团体总分第一名，2001年全国重点校女篮邀请赛第二名，2003年重庆市第一届运动会篮球比赛（青少年女子组）第一名，2006年8月重庆南开中学女子田径队代表重庆市，与来自20个省、自治区、直辖市代表队角逐，以三金、两银、一铜的优异成绩获得女子团体总分第一名。

2007年3月23—25日举行的重庆市第十届中学生田径运动会中，南开田径队初中组以206分超出第二名学校60分的绝对优势获得团体总分第一名：

男子组

廖逆立　全能第一名（其中跳高打破重庆市中学生最高纪录）

饶鹏　100米、200米第一名

黄涛　3000米竞走第一名　400米栏第三名

王思奇　400米第四名　800米第三名

韩世超　110米栏第三名　跳远第五名

4×100米第一名　4×400米第一名并打破重庆市中学生最高纪录

女子组

王涵　100米栏第一名并打破重庆市中学生最高纪录　100米第二名

王艺颖　100米栏第二名并打破重庆市中学生最高纪录　跳远第二名

史小川　400米第一名并打破重庆市中学生最高纪录　200米第二名

王乐欣　全能第三名

陈秋宇　800米第四名　400米栏第四名

4×100米第二名　4×400米第一名并打破重庆市中学生最高纪录

2007年在法国波尔多举行的世界中学生田径锦标赛上校田径队队员王艺颖同学获得亚军。2007年10月10——13日在重庆市第二外国语学校举行的重庆市第八届重点中学学生田径运动会中，我校运动员经过奋力拼搏，在克服天气等外界干扰的情况下，七人五次打破重庆市重点中学学生田径运动会最高纪录，获得十个单项冠军，勇夺女子组冠军，男子组第三名，为南开中学第71周年校庆添上了浓墨重彩的一笔。 2008年12月1日--6日，世界泛太平洋地区中学生运动会在澳大利亚堪培拉举行。校田径队入选中国中学生国家队的四名参赛队员在田径比赛中再创辉煌，一人次获冠军，四人次获第三名，三人次获第四名。

重庆南开中学是全国首批经国家教育委员会验收批准的体育后备人才试点学校，2009年被清华大学授权为“体育特长生生源培养基地”。这是清华大学在我市中学设立的唯一体育特长生培养基地。据介绍，基地建立后，清华大学将不定期地选派高水平体育教练到重庆南开中学进行清华大学运动队训练模式的指导，南开中学的中学生运动员在寒暑假期间也可赴清华大学进行专业培训。