南开大学--天津大学联合研究院成立于2001年12月， 南开大学、天津大学联合研究院将实行两校优势互补、资源共享，开展高水平的科学研究。并设立两校科技合作基金，支持两校合作开展的科研项目。两校首批启动的十三个科技合作项目，包括“基因和蛋白的信息结构和功能研究”、“应用数学的前沿研究”等。
南开大学与天津大学在本科教学领域进行密切合作，两校各为对方本科生开设十门公共选修课，互相承认学分。同时还将共同申请设置本科专业目录外的新兴学科、交叉学科专业，争取三年内两校互相开设公共必修或选修课百门以上。并实现两校的选修课面向全体学生开放，学生任意选修，两校互相承认学分。