南京林业大学校徽由水杉叶、水杉球果和南林大的英文缩写三部分构成。1992年被采用，由原林学系张世经老师设计。水杉树叶、果的寓意主要是为了纪念首任校长郑万均他在四十年代发现并定名第四纪孑遗植物，有"活化石"之称的水杉，被誉为植物界二十世纪最重大的科学发现之一。水杉发现后，栽培遍及大江南北。将水杉绘成校徽，表示让南林后人缅怀、学习郑万钧校长热爱祖国，献身科学与教育的崇高精神。同时也寓意南林的教学、科研、人才培养等工作，根深叶茂，硕果累累。