南京金融高等专科学校创建于1955年，原隶属于中国人民银行。其前身为中国人民银行华东区行银行学校（二部），后改建为苏州银行学校。而后苏州银行学校更名为江苏银行学校。1985年江苏银行学校升格为南京金融专科学校。1993年南京金融专科学校更名为南京金融高等专科学校。2002年南京金融高等专科学校撤销，并入南京审计学院。原校址位于南京市浦口区城北路。