规划中的南京地铁9号线由长途东站开往绿博园，全长17.1公里，共15站。
9号线： 17.1公里 长途东站、曹后村、南京站、金桥市场、城河村、大桥南路、下关、农贸中心、定淮门、中保站、管子桥、汉中门大街、鼓楼科技园、清河路、绿博园。
据2011-12-08新闻：
南京站北侧正在开挖一个巨大的地下密室，这里将是未来地铁3号线和9号线的地下车站。地下负四层，最深处达到29.8米，相当于9层楼的高度，这将是南京最深的一处地铁站。记者日前在施工现场探访得知，这一最深车站负三层目前已经开挖完毕，深度已达负24米，该站今后三号线、九号线将在地下四层同台换乘。