牧首制是东正教会所实行的以牧首为领导的教会管理制度。公元4世纪，基督教会在罗马、亚历山大里亚、安提亚、耶路撒冷、君士坦丁堡五个教区设立牧首，管理教会事务，后来逐渐形成制度。公元1054年以后，基督教会分裂为东方教会和西方教会。西方教会牧首以“教皇”身份成为罗马天主教会的首脑，其他四大教区仍保持牧首制，此制遂成为东正教的管理制度。

1589年，俄罗斯正教会根据形势的变化和需要，召开会议，决定在国内也建立牧首制。1653年至1665年，牧首尼康实行教会改革，统一宗教礼仪。其结果是，教会与沙皇争权，发生冲突，牧首尼康被罢免。1721年，沙皇彼得一世为防止牧首与其争权，颁布新的宗教事务管理条例，取消牧首制，成立主教公会。1917年沙俄专制制度被推翻后，俄罗斯正教会又开始恢复了牧首制。此制迄今仍在实行。