药王庙主体建筑的正中心是药王墓亭。原墓亭建于明永乐年间（公元1403－1424），高6.3米，墓为亭式，为琉璃歇山顶，飞檐斗拱，金碧辉煌。檐下有珍禽异兽及戏曲人物，雕工画技精熟。墓亭内树穿龙透花枣木碑，上刻“敕封明灵昭惠显佑王之墓”十一个大字。据传此木碑为药王自缢之枣树雕成。