莫梅特·阿里·阿加(Mehmet Ali Ağca)，1981年5月13日，若望·保禄二世在进入圣伯多禄广场准备演讲时被一名土耳其狂热穆斯林枪手莫梅特·阿里·阿加(Mehmet Ali Ağca)企图暗杀。若望·保禄中了两枪，但子弹差分毫，并未击中身上要害。经六小时手术后脱离危险。1983年圣诞前两天，若望·保禄痊愈到监狱探望行弑他的刺客。二人私下谈话片刻，但对话内容至今没有公开。不过，有人在阿加的住处找到一张“我要杀死十字军首领”的字条。

谋杀的动机从来没有被发现。有人认为是苏联方面派来谋杀他的，目的是为了保持华约国家（特别是波兰）的稳定。其他人则认为可能是梵蒂冈内部不满若望·保禄二世担任教宗的人士策划。最后，没有任何的证据被发现，最后只好以阿加只是想吓吓教宗定案